<div dir="ltr">Thank you so much Stephen.  I really appreciated the time you spent with me.<br><br><div class="gmail_extra">Haiming<br></div><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Tue, Oct 7, 2014 at 2:07 AM, Stephen Fitzgerald <span dir="ltr"><<a href="mailto:stephenf@ebi.ac.uk" target="_blank">stephenf@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Haiming, we no longer produce gerp scores for the alignments containing the smaller set of mammals (16 species in e76, and 17 in e77).<br>
We do produce gerp scores for the larger set of mammal alignments (38 species in e76 and 39 in e77), which contain all of the (high quality assembly) species present in the smaller set plus extra (lower quality (2X) assembly) species. The EMF files for the epo_16_eutherian mammals (e76) contain no extra information compared with the MAF files for the same alignments, and have therefore not been generated for e77.<br>
<br>
<a href="ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-77/emf/ensembl-compara/" target="_blank">ftp://ftp.ensembl.org/pub/<u></u>release-77/emf/ensembl-<u></u>compara/</a><br>
<br>
If you need the gerp scores for mammals (for e76) use the scores from the 38 mammals:<br>
<br>
<a href="ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-76/emf/ensembl-compara/epo_38_eutherian/" target="_blank">ftp://ftp.ensembl.org/pub/<u></u>release-76/emf/ensembl-<u></u>compara/epo_38_eutherian/</a><br>
<br>
The scores are generated from the same blocks present in the 16 species, but should give a more accurate value for the constraint at any position due to the extra information (provided by 22 extra species) present in the larger alignments. Regions under constraint (constrained elements) defined by the 38 mammals will be very similar to those that would have been defined for the 16 mammals, but should be more fine-grained in their boundaries.<br>
<br>
Hope that helps,<br>
Stephen.<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
On Mon, 6 Oct 2014, Tang, Haiming wrote:<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
Dear group,<br>
<br>
I tried to get the conservation scores (GERP scores) for nucleotides in whole genome alignments.<br>
<br>
So I  followed "<a href="http://uswest.ensembl.org/Help/Faq?id=221" target="_blank">http://uswest.ensembl.org/<u></u>Help/Faq?id=221</a>" to download the emf files for multiple species alignments<br>
from ftp site: <a href="ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-76/emf/ensembl-compara/epo_16_eutherian/" target="_blank">ftp://ftp.ensembl.org/pub/<u></u>release-76/emf/ensembl-<u></u>compara/epo_16_eutherian/</a><br>
<br>
But why can't I find GERP score in these emf files?<br>
<br>
Thanks<br>
Haiming<br>
<br>
</blockquote>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div>