<div dir="ltr">Hi Allison,<div><br></div><div>I'll take a look at this.</div><div><br></div><div>The undef condition is required as some genomic regions will be empty, but the VEP could handle this way better by checking the file exists first.</div><div><br></div><div>Thanks for spotting it</div><div><br></div><div>Will</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 10 October 2014 20:15, Allison Regier <span dir="ltr"><<a href="mailto:aregier@genome.wustl.edu" target="_blank">aregier@genome.wustl.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">I’ve been investigating some inconsistent behavior with VEP, and finally traced it to an out of memory error that was simply being swallowed up.  In load_dumped_transcript_cache in VEP.pm, we sometimes run out of memory, which causes the `open` to fail.  We do see the warning message "Could not find cache for …”, but since our pipelines are largely automated, warning messages don’t mean very much to us.  The variants in these regions end up falsely annotated as Intergenic, when many of them should have a transcript annotation.  It would be nice to expose this type of error condition more obviously.<div>For example, the line:</div><div><pre style="font-family:monospace,fixed;font-size:9pt;margin:4px 8px 4px 2px;line-height:15px;border:1px solid rgb(196,207,229);padding:4px 6px;overflow:auto;word-wrap:break-word;background-color:rgb(251,252,253)">open my $fh, $config->{compress}.<span style="font-size:1em;color:rgb(0,32,128)">" "</span>.$dump_file.<span style="font-size:1em;color:rgb(0,32,128)">" |"</span> or <span style="font-size:1em;color:rgb(224,128,0)">return</span> undef;</pre><div>could be changed to</div><div><pre style="margin:4px 8px 4px 2px;border:1px solid rgb(196,207,229);padding:4px 6px;overflow:auto;word-wrap:break-word;background-color:rgb(251,252,253)"><font face="monospace, fixed"><span style="font-size:9pt;line-height:15px">open my $fh, $config->{compress}.</span></font><span style="font-family:monospace,fixed;font-size:1em;line-height:15px;color:rgb(0,32,128)">" "</span><font face="monospace, fixed"><span style="font-size:9pt;line-height:15px">.$dump_file.</span></font><span style="font-family:monospace,fixed;font-size:1em;line-height:15px;color:rgb(0,32,128)">" |"</span><font face="monospace, fixed"><span style="font-size:9pt;line-height:15px"> or </span></font><font color="#e08000"><font face="monospace, fixed"><span style="font-size:9pt;line-height:15px">die </span><span style="line-height:15px">“ERROR $!"</span></font></font><font face="monospace, fixed"><span style="font-size:9pt;line-height:15px">;</span></font></pre><div><br></div></div><div>I can’t think of a time when we would want to ignore a failure to open a file handle.</div></div><div><br></div><div>thanks!</div><div><br></div><div>Allison Regier</div>
<br>
____
This email message is a private communication. The information transmitted, including attachments, is intended only for the person or entity to which it is addressed and may contain confidential, privileged, and/or proprietary material. Any review, duplication, retransmission, distribution, or other use of, or taking of any action in reliance upon, this information by persons or entities other than the intended recipient is unauthorized by the sender and is prohibited. If you have received this message in error, please contact the sender immediately by return email and delete the original message from all computer systems. Thank you.

<br></div><br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>