<div dir="ltr"><div>Hi Devs,</div><div><br></div>The code to check whether a FASTA index needs to be created, looks for a file with extension ".fa.index". However, (and this may be recent) the indexes created are files named ".fa.index.dir" and ".fa.index.pag". I haven't checked the code to confirm this. I'm assuming this is the case, since VEP appears to index the FASTA everytime it runs, unless I create a copy of ".fa.index.pag" with extension ".fa.index".<div><div><div><br></div><div><div>Cheers!<br></div><div><br></div><div>~Cyriac</div></div></div></div></div>