<div dir="ltr"><p dir="ltr"> </p>
<div class="gmail_quote">Hi Cyriac,</div><div class="gmail_quote"><br></div><div class="gmail_quote">This is not something I've come across before; the FASTA indexing is performed by code that we do not maintain (the Bio::DB::Fasta module is part of the BioPerl package).</div><div class="gmail_quote"><br></div><div class="gmail_quote">Which version of BioPerl are you using (there are known issues with 1.2.3, though not this issue AFAIK, the VEP installs 1.6.0)? And are you using a single FASTA file or a directory containing multiple FASTA files?</div><div class="gmail_quote"><br></div><div class="gmail_quote">For VEP it is normal that it just generates the .fa.index file; I have never seen the other two you mention (perhaps they appear with a directory of files rather than a single .fa).</div><div class="gmail_quote"><br></div><div class="gmail_quote">I'd try removing the indexes and reindexing, or removing the .fa file and re-downloading/re-generating it.</div><div class="gmail_quote"><br></div><div class="gmail_quote">HTH</div><div class="gmail_quote"><br></div><div class="gmail_quote">Will</div><div class="gmail_quote"><br></div><div class="gmail_quote">On 18 Oct 2014 02:33, "Cyriac Kandoth" <<a href="mailto:kandoth@cbio.mskcc.org" target="_blank">kandoth@cbio.mskcc.org</a>> wrote:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hi Devs,</div><div><br></div>The code to check whether a FASTA index needs to be created, looks for a file with extension ".fa.index". However, (and this may be recent) the indexes created are files named ".fa.index.dir" and ".fa.index.pag". I haven't checked the code to confirm this. I'm assuming this is the case, since VEP appears to index the FASTA everytime it runs, unless I create a copy of ".fa.index.pag" with extension ".fa.index".<div><div><div><br></div><div><div>Cheers!<br></div><div><br></div><div>~Cyriac</div></div></div></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div>
</div>