<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>Yes; we hope to have the data available in an upcoming Ensembl release. The latest dbSNP release (142) includes the data, though there is some latency in this appearing downstream in the Ensembl Variation database as dbSNP's release dates are not always compatible with our production schedule for Ensembl releases.</div><div><br></div><div>There is also the issue that 1000 genomes issued their data on GRCh37, while our current assembly for human is GRCh38 (we provide a mirror service on GRCh37 but the data powering that is currently frozen on Ensembl release 75).</div><div><br></div><div>The 1000 genomes browser is Ensembl powered and the most recent update includes the phase 3 data, e.g. <a href="http://browser.1000genomes.org/Homo_sapiens/Variation/Population?v=rs699">browser.1000genomes.org/Homo_sapiens/Variation/Population?v=rs699</a></div><div><br></div><div>You could also use the VEP and its custom annotation feature to incorporate allele frequency data from the 1000 genomes VCF files, e.g.</div><div><br></div><div>perl <a href="http://variant_effect_predictor.pl">variant_effect_predictor.pl</a> -i example_GRCh37.vcf -offline -assembly GRCh37 -force -custom <a href="ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/release/20130502/ALL.autosomes.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5.20130502.sites.vcf.gz,1KGP3,vcf,exact,0,AF">ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/release/20130502/ALL.autosomes.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5.20130502.sites.vcf.gz,1KGP3,vcf,exact,0,AF</a><br></div><div><br></div><div>to retrieve the allele frequency (AF) info field for overlapping variants, see <a href="http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_custom.html">http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_custom.html</a></div><div><br></div><div>Note this example uses tabix's remote functionality to query the file on a remote server; please spare network resources and download the file to your local file system if you intend to use it for more than small tests like this.</div><div><br></div><div>HTH</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 23 October 2014 16:19, Genomeo Dev <span dir="ltr"><<a href="mailto:genomeodev@gmail.com" target="_blank">genomeodev@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Will,<div><br></div><div>Is there an intent to incorporate data from phase 3 data from 1000 genomes in the near future?</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div><div>-- <br></div><div dir="ltr">G.</div>
</div></font></span></div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>