<div dir="ltr">Hi Matt,<div><br></div><div>The NMD here refers to a property of the transcript, i.e. the variant falls in a transcript predicted to undergo NMD. There is no prediction AFAIK of the effect of the variant on this process.</div><div><br></div><div><a href="http://sequenceontology.org/browser/release_2.4.4/term/SO:0001621">http://sequenceontology.org/browser/release_2.4.4/term/SO:0001621</a><br></div><div><br></div><div>HTH</div><div><br></div><div>Will</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 14 November 2014 08:03, Matt Wood <span dir="ltr"><<a href="mailto:matt.wood@codifiedgenomics.com" target="_blank">matt.wood@codifiedgenomics.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">We had a variant come up as synonymous_variant&NMD_transcript_variant. We're assuming NMD refers to nonsense mediated decay.<div><br></div><div>Any idea why VEP thinks a synonymous_variant causes NMD? How does VEP determine something is an NMD variant?</div><div><br></div><div>Thanks.</div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>