<div dir="ltr">In a list of orthologs computed by EnsemblCompara, Ensembl computes both the Target %id and Query %id.<div><br></div><div>I suspect very much that this is the case of the number of identities being divided by the length of the target or query sequence, but I'm curious as to whether this includes the gaps that arise from the MSA?<br clear="all"><div><br></div><div>Thanks</div><div>Sam</div><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature">Postdoctoral Fellow<br>Mathematics and Computer Science Division<br>Argonne National Laboratory<br>9700 S. Cass Avenue<br>Argonne, IL 60439<br><br><a href="http://www.linkedin.com/pub/sam-seaver/0/412/168" target="_blank">http://www.linkedin.com/pub/sam-seaver/0/412/168</a><br><a href="mailto:samseaver@gmail.com" target="_blank">samseaver@gmail.com</a><br>(773) 796-7144<br><br>"We shall not cease from exploration<br>And the end of all our exploring<br>Will be to arrive where we started<br>And know the place for the first time."<br>    --T. S. Eliot</div>
</div></div>