<div dir="ltr">Hi G,<div><br></div><div>The print_line() subroutine in <a href="http://variant_effect_predictor.pl">variant_effect_predictor.pl</a> has the following code:</div><div><br></div><div><div>        $output = join "\t", map {</div><div>            (defined $line->{$_} ? $line->{$_} : (defined $extra{$_} ? $extra{$_} : '-'))</div><div>        } @{$config->{fields}};</div></div><div><br></div><div>So to do as you intend you could change this to</div><div><br></div><div><div>        $output = join "\t", map {</div><div>            (defined $line->{$_} ? $line->{$_} : (defined $extra{$_} ? $extra{$_} : ''))</div><div>        } @{$config->{fields}};</div></div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 3 December 2014 at 16:17, Genomeo Dev <span dir="ltr"><<a href="mailto:genomeodev@gmail.com" target="_blank">genomeodev@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>Current VEP script puts dash in empty fields in the default output. Could you please point me to the code where I can remove replace dash with an empty string? Modifying the output file after it is generated is non-trivial for very large files.<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div><div dir="ltr">G.</div></div>
</font></span></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>