<div dir="ltr">Hi Konrad,<div><br></div><div>Sounds like an issue with Bio::DB::Fasta, which is part of the BioPerl module set that we don't maintain.</div><div><br></div><div>A quick Google brought up this:</div><div><br></div><div><a href="http://mailman.open-bio.org/pipermail/bioperl-l/2012-December/087835.html">http://mailman.open-bio.org/pipermail/bioperl-l/2012-December/087835.html</a><br></div><div><br></div><div>which might be of some help; perhaps it depends on the index type that it chooses to create (<a href="http://search.cpan.org/~cjfields/BioPerl/Bio/DB/Fasta.pm">http://search.cpan.org/~cjfields/BioPerl/Bio/DB/Fasta.pm</a>).</div><div><br></div><div>It may also be a filesystem thing - I know NFS can have issues with multiple processes accessing the same file.</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 9 December 2014 at 18:40, Konrad Karczewski <span dir="ltr"><<a href="mailto:konradk@broadinstitute.org" target="_blank">konradk@broadinstitute.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><u></u>
<div>
<span><div>
<div>Hi dev team,</div>
<div><br></div>
<div>I'm confused by an error I've been occasionally getting recently. I've created a sequence index using a test VEP run (and verified it's written and gets read by a test run without a problem), and then submit ~a few hundred VEP jobs to a cluster. A small subset of them come up with this error:</div>
<div><br></div>
<div>Can't open sequence index file /humgen/atgu1/fs03/konradk/vep/gold//homo_sapiens/77_GRCh37/Homo_sapiens.GRCh37.75.dna.primary_assembly.fa.index: No locks available at /humgen/atgu1/fs03/konradk/ensembl-tools-release-77/scripts/variant_effect_predictor/Bio/DB/Fasta.pm line 527.</div>
<div><br></div>
<div>I would have thought if the index existed and was readable, it wouldn't try to write it, but asking for a lock seems to suggest it is: any ideas what may be causing this? This happens on at least on VEP versions 77 and 78.</div>
<div><br></div>
<div>Thanks!</div>
</div></span><div><br></div>
</div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>