
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">

<html><body>

<span id="mailbox-conversation"><div>

<div>Hi dev team,</div>

<div><br></div>

<div>I'm confused by an error I've been occasionally getting recently. I've created a sequence index using a test VEP run (and verified it's written and gets read by a test run without a problem), and then submit ~a few hundred VEP jobs to a cluster. A small subset of them come up with this error:</div>

<div><br></div>

<div>Can't open sequence index file /humgen/atgu1/fs03/konradk/vep/gold//homo_sapiens/77_GRCh37/Homo_sapiens.GRCh37.75.dna.primary_assembly.fa.index: No locks available at /humgen/atgu1/fs03/konradk/ensembl-tools-release-77/scripts/variant_effect_predictor/Bio/DB/Fasta.pm line 527.</div>

<div><br></div>

<div>I would have thought if the index existed and was readable, it wouldn't try to write it, but asking for a lock seems to suggest it is: any ideas what may be causing this? This happens on at least on VEP versions 77 and 78.</div>

<div><br></div>

<div>Thanks!</div>

</div></span><div class="mailbox_signature"><br></div>

</body></html>