<div dir="ltr">Thanks Will. Yes if you could provide FTP dumps of that it would be very useful.<div><br></div><div>G.</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 9 December 2014 at 16:23, Will McLaren <span dir="ltr"><<a href="mailto:wm2@ebi.ac.uk" target="_blank">wm2@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi G,<div><br></div><div>This is not possible due to the size of the data.</div><div><br></div><div>The LD data you see on the Ensembl website is calculated on the fly from the genotype data stored in the database. If you imagine a sliding 20kb window (the default size), where in each window you have to store the LD values between each possible pair of SNPs, you can see that this data gets very large very quickly. This volume of data is not suited to the way that BioMart works.</div><div><br></div><div>We have considered in the past creating dumps of this data to present on the FTP site; we can look at this again if there is interest.</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On 8 December 2014 at 16:38, Genomeo Dev <span dir="ltr"><<a href="mailto:genomeodev@gmail.com" target="_blank">genomeodev@gmail.com</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5"><div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>Anyone knows if is possible to retrieve LD values for a region arround a variant in Ensembl Biomart?<br clear="all"><div><br></div><div>Thanks.</div><span><font color="#888888">-- <br><div><div dir="ltr">G.</div></div>
</font></span></div></div>
<br></div></div>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">G.</div></div>
</div>