<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div><div><div>Hello,<br><br>I'm finally getting the chance to update some code that depends on the VEP REST endpoint from the beta version to the current production version and have a few questions.  Looking specifically at this example<br><br><a href="http://rest.ensembl.org/vep/human/id/COSM476?content-type=application/json">http://rest.ensembl.org/vep/human/id/COSM476?content-type=application/json</a><br><br></div></div>Under transcript_consequences in this example somatic is "1,1,1".  What is this supposed to represent?  There are three colocated_variants, so I assume this is referring to that.<br></div><br></div>Under transcript_consequences allele_string="A/T" is now represented as variant_allele="T".  It would be useful to have a similar reference_allele="A".<br></div></div><br>Then in this table there are a few cases documented where VEP isn't using the correct SO term:<br><br><a href="http://gemini.readthedocs.org/en/latest/content/functional_annotation.html#standardizing-impact-definitions-for-gemini">http://gemini.readthedocs.org/en/latest/content/functional_annotation.html#standardizing-impact-definitions-for-gemini</a><br><br></div>Have these been addressed?<br><br></div>Thank you,<br><br><div><div><div><div><div><div><div><div><div>   michael<br></div><div><br><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>