<div dir="ltr">Hi Michael,<div><br></div><div>You should no longer see the somatic status under the transcript_consequences objects; this was a bug and should only appear in the colocated_variants objects. I think if you check the output again you should see this has already been fixed.</div><div><br></div><div>You can always get the reference allele from the allele_string field at the root of the JSON object; this is a "/"-separated string where the first allele is the reference allele.</div><div><br></div><div>The allele given in allele_string and in the variant_allele field are always the alleles as input; typically this will be on the forward strand. This allows you to easily identify which of the alleles from allele_string the variant_allele refers to, particularly useful in the case of input variants with multiple alternate alleles.</div><div><br></div><div>The HGVS representation is relative to the transcript that it overlaps, so if the transcript is on the <span style="font-size:13px">reverse</span> strand the alleles get reverse complemented, hence why A->T becomes T->A in the HGVS string for <span style="font-size:13px">ENST00000479537 (a reverse strand transcript, as indicated by "strand: -1"). You can see this also in the codons field.</span></div><div><span style="font-size:13px"><br></span></div><div><span style="font-size:13px">This is maybe clearer if you look at a variant where the ref/alt alleles are not the complement of each other, e.g. </span><a href="http://rest.ensembl.org/vep/human/id/COSM18443?content-type=application/json&hgvs=1">http://rest.ensembl.org/vep/human/id/COSM18443?content-type=application/json&hgvs=1</a></div><div><br></div><div>The incorrect SO terms have been updated a while ago; those GEMINI documents refer to a non-current version of VEP.</div><div><br></div><div>HTH</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 10 December 2014 at 21:55, Michael Heuer <span dir="ltr"><<a href="mailto:heuermh@gmail.com" target="_blank">heuermh@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><span class="">On Wed, Dec 10, 2014 at 12:05 PM, Michael Heuer <span dir="ltr"><<a href="mailto:heuermh@gmail.com" target="_blank">heuermh@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div><div><div>Hello,<br><br>I'm finally getting the chance to update some code that depends on the VEP REST endpoint from the beta version to the current production version and have a few questions.  Looking specifically at this example<br><br><a href="http://rest.ensembl.org/vep/human/id/COSM476?content-type=application/json" target="_blank">http://rest.ensembl.org/vep/human/id/COSM476?content-type=application/json</a><br><br></div></div>Under transcript_consequences in this example somatic is "1,1,1".  What is this supposed to represent?  There are three colocated_variants, so I assume this is referring to that.<br></div><br></div>Under transcript_consequences allele_string="A/T" is now represented as variant_allele="T".  It would be useful to have a similar reference_allele="A".<br></div></div></div></div></div></blockquote><div><br></div></span><div>I'm sorry, I might have this backward; COSMIC defines this variation as<br><div><dt><br></dt><dt>Mutation Id: COSM476
  </dt><dt>AA Mutation: p.V600E ( Substitution - Missense )</dt> 
  <dt>CDS Mutation: c.1799T>A ( Substitution )</dt></div><a href="http://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/mutation/overview?id=476" target="_blank">http://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/mutation/overview?id=476</a><br><br></div><div>codons/amino_acids and HGVS appear correct but allele_string and variant_allele have it flipped, shouldn't allele_string be "T/A", variant_allele "A" and reference_allele "T"?<br></div><div dir="ltr"><br>   "id": "COSM476",<br>   "allele_string": "A/T",<br> <br>   "transcript_consequences": [<br>      {<br>        "variant_allele": "T",<br><br>        "codons": "gTg/gAg",<br>        "hgvsc": "ENST00000479537.3:c.83T>A",<br><br>        "amino_acids": "V/E",<br>        "hgvsp": "ENSP00000418033.1:p.Val28Glu",<br>  }<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br><br>   michael<br><div><div><div><div><div><div><div><div><div><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></font></span></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
</blockquote></div><br></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>