<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>*Using Ensembl 75 VM*</div><div><br></div><div>I am trying to retrieve coordinates and sequence regions for some variants using variant IDs:</div><div><div><br></div><div><div><span class="" style="white-space:pre"> </span>my $var = $var_adaptor->fetch_by_name('rs7904594');</div><div><span class="" style="white-space:pre">     </span>my $vfeatures = $var->get_all_VariationFeatures();</div><div><span class="" style="white-space:pre">      </span>while (my $vf = shift @{$vfeatures}){</div><div><span class="" style="white-space:pre">                      </span>print $vf->seq_region_name(), "\t", $vf->seq_region_start(), "\n";</div><div><span class="" style="white-space:pre">       </span>}<br></div><div><br></div><div><u>Questions:</u></div><div><u><br></u></div><div>1. Is there a way I can choose to print main chromosomes only excluding patches?</div><div>2. I want to use the position information in a VCF. seq_region_start only works for SNPs. How can I make use of that for indels?</div><div><br></div><div>Thanks!</div><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">G.</div></div>
</div></div></div>