<div dir="ltr">Comment in line.<br><div><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jan 8, 2015 at 4:47 PM, Konrad Karczewski <span dir="ltr"><<a href="mailto:konradk@broadinstitute.org" target="_blank">konradk@broadinstitute.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><u></u>
<div>
<span><div>Hi VEP team/Will,</div>
<div><br></div>
<div>In some applications, Ensembl Gene IDs have a version number (i.e. ENSG00000000001.2) - is there a way I can get this information from a particular run of VEP? Or at least figure out which particular version of each gene I have in a cache?</div></span></div></blockquote><div><br></div><div>I know very little about VEP, and am not sure I even totally understand what you are asking. However since half of the VEP team is out until the end of the month, I'll give it a shot; I can read a manual page. The following code is pretty much straight out of man Bio::DB::Fasta: <span style="font-family:monospace,monospace"><br><br></span><span style="font-family:monospace,monospace"><span style="font-family:monospace,monospace">use Bio::DB::Fasta;<br>my $fasta_file = glob('~/.vep/homo_sapiens/78_GRCh38/Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa');<br>my $db = Bio::DB::Fasta->new($fasta_file);<br></span>my @ids      = $db->get_all_primary_ids;<br>print join(', ', @ids, "\n");<br></span><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></span></div><div><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">If you aren't using Fasta, them I imagine you if read the man page for whatever DB you are using , it probably has  $db->get_all_primary_id . <br><br></span></div><div><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">If you are referring to your input VCF file instead, I don't know.</span><span style="font-family:monospace,monospace"><br><br></span></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><span>
<div><br></div>
<div>Thanks!</div></span><div><br></div>
</div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div></div>