<div dir="ltr">Hi Guillermo,<div><br></div><div>You can get the strand of the transcript from the transcript object:</div><div><br></div><div>(assuming $vf is a TranscriptVarationAllele object as passed to the run method)</div><div><br></div><div>my $strand = $vf->transcript->strand();</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 26 January 2015 at 11:26, Guillermo Marco Puche <span dir="ltr"><<a href="mailto:guillermo.marco@sistemasgenomicos.com" target="_blank">guillermo.marco@sistemasgenomicos.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  

    
  
  <div text="#000066" bgcolor="#FFFFFF">
    Hi,<br>
    <br>
    I'm working on a plugin for VEP script.<br>
    Usually in "run" fucntion I use a code like this to get the variant
    chr, position, ref allele and var allele.<br>
    <br>
    my $line =
$vf->{base_variation_feature_overlap}->{base_variation_feature}->{_line};<br>
    my @split_line = split ("\t", $line);<br>
    $chr = $split_line[0];        <br>
    $pos = $split_line[1];<br>
    $ref_allele = $split_line[3];<br>
    my $var_allele = $line_hash->{Allele};<br>
    <br>
    However for this plugin I need information about Gene in this
    position, in particular the Gene strand.<br>
    <br>
    Is this possible to retrieve from any vep object?<br>
    <br>
    Thanks!<br>
    <br>
    Best regards,<br>
    Guillermo.<br>
  </div>

<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>