
<html>

  <head>


    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8">

  </head>

  <body text="#000066" bgcolor="#FFFFFF">

    Hi,<br>

    <br>

    I'm working on a plugin for VEP script.<br>

    Usually in "run" fucntion I use a code like this to get the variant

    chr, position, ref allele and var allele.<br>

    <br>

    my $line =

$vf->{base_variation_feature_overlap}->{base_variation_feature}->{_line};<br>

    my @split_line = split ("\t", $line);<br>

    $chr = $split_line[0];        <br>

    $pos = $split_line[1];<br>

    $ref_allele = $split_line[3];<br>

    my $var_allele = $line_hash->{Allele};<br>

    <br>

    However for this plugin I need information about Gene in this

    position, in particular the Gene strand.<br>

    <br>

    Is this possible to retrieve from any vep object?<br>

    <br>

    Thanks!<br>

    <br>

    Best regards,<br>

    Guillermo.<br>

  </body>

</html>