<div dir="ltr">Dear Olivier,<div><br></div><div>Yes, it is possible to run VEP on any species in the Ensembl or Ensembl Genomes collections. Downloadable cache datasets may not be available for all species (someone in the e!Genomes team can clarify this), but you can use the public database server in place, e.g.</div><div><br></div><div>perl <a href="http://variant_effect_predictor.pl">variant_effect_predictor.pl</a> -database -genomes -species aspergillus_nidulans -i input.vcf [etc]<br></div><div><br></div><div>(-database tells VEP to use the database, -genomes is a shortcut providing the e!Genomes public server details)</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 30 January 2015 at 13:12, Olivier Armant (ITG) <span dir="ltr"><<a href="mailto:olivier.armant@kit.edu" target="_blank">olivier.armant@kit.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Ensembl team,<br>
<br>
I have run succesfully VEP on mouse  and zebrafish dataset and would like now to try VEP on Aspergilus Nidulans.<br>
I do not manage to get the prebuild cache from ensembl fungi. Is it possible to run VEP on fungi at all? And if yes, could you direct me through the methodology?<br>
<br>
Best<br>
<br>
Olivier ARMANT<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div><br></div>