<div dir="ltr"><div>I've installed the following caches:</div><div><br></div><div>homo_sapiens_refseq_vep_75.tar.gz<br></div><div>homo_sapiens_vep_75.tar.gz<br></div><div><br></div><div>and the FASTA file for homo_sapiens.</div><div><br></div><div>I'm trying to get access to the ref sequence from a VEP plugin when running with the refseq flag. I have no problems when running without the flag. My args are:<br></div><div><br></div>-dir ~/.vep --force_overwrite --refseq -offline --vcf --plugin RSTest -i test.vcf -o test.out<br><div><br></div><div>In my RSTest plugin I do the following:</div><div><br></div><div>my $subslice = $vf->slice->sub_Slice($start, $end)->seq;<br></div><div><br></div><div>But, my $subslice is always "NNNNNNNNNNN". If I remove the refseq flag I get what I expect.</div><div><br></div><div>I found that if I add a --fasta flag and point explicitly to the fasta file that was downloaded by the VEP install process things work as expected.</div><div><br></div><div>Is this expected behavior? Or is there some way for the fasta file to be recognized implicitly like when running without the refseq flag?</div><div><br></div><div>Thanks.</div></div>