<div dir="ltr">Hi Matt,<div><br></div><div>For the FASTA file to be found it needs to be in a specific directory, namely [cache_dir]/[species]/[version]_[assembly]/ where [cache_dir] defaults to $HOME/.vep/</div><div><br></div><div>For the refseq cache, the species name is altered to be e.g. homo_sapiens_refseq/75/ ; the merged cache is similarly named homo_sapiens_merged.</div><div><br></div><div>You should be able to symlink the files from your non-RefSeq homo_sapiens cache;</div><div><br></div><div>ln -s [cache_dir]/homo_sapiens/75/*.fa* [cache_dir]/homo_sapiens_refseq/75/</div><div><br></div><div>HTH</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 3 February 2015 at 23:27, Matt Wood <span dir="ltr"><<a href="mailto:matt.wood@codifiedgenomics.com" target="_blank">matt.wood@codifiedgenomics.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>I've installed the following caches:</div><div><br></div><div>homo_sapiens_refseq_vep_75.tar.gz<br></div><div>homo_sapiens_vep_75.tar.gz<br></div><div><br></div><div>and the FASTA file for homo_sapiens.</div><div><br></div><div>I'm trying to get access to the ref sequence from a VEP plugin when running with the refseq flag. I have no problems when running without the flag. My args are:<br></div><div><br></div>-dir ~/.vep --force_overwrite --refseq -offline --vcf --plugin RSTest -i test.vcf -o test.out<br><div><br></div><div>In my RSTest plugin I do the following:</div><div><br></div><div>my $subslice = $vf->slice->sub_Slice($start, $end)->seq;<br></div><div><br></div><div>But, my $subslice is always "NNNNNNNNNNN". If I remove the refseq flag I get what I expect.</div><div><br></div><div>I found that if I add a --fasta flag and point explicitly to the fasta file that was downloaded by the VEP install process things work as expected.</div><div><br></div><div>Is this expected behavior? Or is there some way for the fasta file to be recognized implicitly like when running without the refseq flag?</div><div><br></div><div>Thanks.</div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>