<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">I get my snp and ethnicity from the gwas catalog database. The specific example I gave earlier is pubmed : <span style="background-color: rgb(255, 255, 255);"><i>23128233. So I won’t have much more then what I have put in my script. </i></span><div><span style="background-color: rgb(255, 255, 255);"><i>So there’s no such thing as r2 data for ‘European population’?<br></i></span><div><br></div> <br><div><div>On 20 Feb 2015, at 14:36, Emily Perry <<a href="mailto:emily@ebi.ac.uk">emily@ebi.ac.uk</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">
  
    <meta content="text/html; charset=windows-1252" http-equiv="Content-Type">
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi Catherine<br>
    <br>
    You need to use the names that the populations are called in the
    database, so to get 1000 genomes Europeans you would use
    1000GENOMES:phase_1_EUR.<br>
    <br>
    All the best<br>
    <br>
    Emily<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 20/02/2015 13:32, Catherine Leroy
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote cite="mid:D073601E-A2C7-4B25-931B-8E33DEA263EC@ebi.ac.uk" type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=windows-1252">
      Hello, 
      <div><br>
      </div>
      <div>I am trying to work my head around LD. As you might see from
        my questions it is all quite new to me.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>I have the following snp : <span style="background-color:
          rgb(255, 255, 255);">rs11010067</span></div>
      <div><span style="background-color: rgb(255, 255, 255);">and I am
          trying to get the r2 value using the script I’ve copied past
          below.</span></div>
      <div><span style="background-color: rgb(255, 255, 255);"><br>
        </span></div>
      <div><span style="background-color: rgb(255, 255, 255);">If I
          enter as population : Europe </span></div>
      <div><span style="background-color: rgb(255, 255, 255);">then I
          don’t get anything back. </span></div>
      <div><span style="background-color: rgb(255, 255, 255);"><br>
        </span></div>
      <div><span style="background-color: rgb(255, 255, 255);">If I
          enter as population : </span><span style="background-color:
          rgb(255, 255, 255);">CSHL-HAPMAP:HapMap-CEU</span></div>
      <div>
        <div>Then I get back a list of variation1, variation2 and r2. </div>
      </div>
      <div><br>
      </div>
      <div>I don’t understand why I don’t get anything with Europe. </div>
      <div>Could somebody explain that to me or point me to some
        documentation about LD I could read. </div>
      <div><br>
      </div>
      <div>I would want to use r2 to determine if a snp I have is in the
        same LD Block then the gene I’m supposing it is linked to using
        a threshold for r2 (which I haven’t determine yet, I’ve just
        started working on that). The problem is that the indication I
        have as population for this snp in my data (Gwas catalog) is
        Europe which doesn’t return anything. </div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Thanks for your help,</div>
      <div>Catherine</div>
      <div><br>
      </div>
      <div><br>
      </div>
      <div><br>
      </div>
      <div><br>
      </div>
      <div>
        <pre style="background-color: rgb(255, 255, 255);"><font face="Helvetica">use strict;
use warnings;
use Bio::EnsEMBL::Registry;


my $registry = 'Bio::EnsEMBL::Registry';

$registry->load_registry_from_db(
-host   => '<a moz-do-not-send="true" href="http://ensembldb.ensembl.org/">ensembldb.ensembl.org</a>',
-user   => 'anonymous',
);

my $rs_id = "rs11010067";

my $variation_adaptor = $registry->get_adaptor( 'human', 'variation', 'variation' );
my $variation = $variation_adaptor->fetch_by_name($rs_id);

my $population_adaptor = $registry->get_adaptor('human', 'variation', 'population'); <span style="font-style: italic;">#get adaptor for Population object
</span>my $population = $population_adaptor->fetch_by_name("CSHL-HAPMAP:HapMap-CEU");
<span style="font-style: italic;">#my $population = $population_adaptor->fetch_by_name("Europe");
</span><span style="font-style: italic;">
</span>foreach my $variation_feature (@{$variation->get_all_VariationFeatures()}) {
    print $variation_feature->seq_region_name(),':', $variation_feature->seq_region_start(), '-', $variation_feature->seq_region_end(),"\n";

    my $ldFeatureContainerAdaptor = $registry->get_adaptor('human', 'variation', 'ldfeaturecontainer'); <span style="font-style: italic;">#get adaptor for LDFeatureContainer object
</span><span style="font-style: italic;">    </span>my $ldFeatureContainer = $ldFeatureContainerAdaptor->fetch_by_VariationFeature($variation_feature, $population);

    my $r_square_values = $ldFeatureContainer->get_all_r_square_values();
    foreach my $r_square_value (@{$r_square_values}){

        my $variation_feature_1 = $r_square_value->{variation1};
        my $variation1_name = $variation_feature_1->name();
        <span style="font-style: italic;">#$variation1
</span><span style="font-style: italic;">        </span>my $variation_feature_2 = $r_square_value->{variation2};
        my $variation2_name = $variation_feature_2->name();

        my $r2 = $r_square_value->{r2};

        print "variation1 = " , $variation1_name, "variation1_region_name = ", $variation1_name, " \n";
        print "variation2 = " , $variation2_name, "variation2_region_name = ", $variation2_name, " \n";
        print "r2 = " , $r2 , "\n\n";

    }
}

</font></pre>
        <div><br>
        </div>
      </div>
      <div><br>
      </div>
      <div><br>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
Dev mailing list    <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a>
Ensembl Blog: <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.ensembl.info/">http://www.ensembl.info/</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Dr Emily Perry (Pritchard)
Ensembl Outreach Officer

European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)
European Molecular Biology Laboratory
Wellcome Trust Genome Campus
Hinxton
Cambridge
CB10 1SD
UK </pre>
  </div>

_______________________________________________<br>Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/">http://www.ensembl.info/</a><br></blockquote></div><br></div></body></html>