<div dir="ltr">Hi Guillermo,<div><br></div><div>The detailed ClinVar information is stored against PhenotypeFeature objects (each SNP/disease pairing gets its own entry in ClinVar, e.g. <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/RCV000019691.2">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/RCV000019691.2</a>, <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/RCV000019692.2/">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/RCV000019692.2/</a>, <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/RCV000019693.2/">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/RCV000019693.2/</a> for rs699).</div><div><br></div><div>The rating (and indeed the clinical significance) is stored as an attribute on the PhenotypeFeature object; you can retrieve this with the get_all_attributes() method.</div><div><br></div><div>See <a href="http://www.ensembl.org/info/docs/Doxygen/variation-api/classBio_1_1EnsEMBL_1_1Variation_1_1PhenotypeFeature.html">http://www.ensembl.org/info/docs/Doxygen/variation-api/classBio_1_1EnsEMBL_1_1Variation_1_1PhenotypeFeature.html</a> and <a href="http://www.ensembl.org/info/docs/api/variation/variation_tutorial.html#phenotype">http://www.ensembl.org/info/docs/api/variation/variation_tutorial.html#phenotype</a> for more info.</div><div><br></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">Bio::EnsEMBL::Variation::</span><span style="font-size:12.8000001907349px">Utils::VEP::get_clin_sig() is an internal method that you should not use.</span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">The VEP cache contains the list of clinical significance states for each variant, but neither the disease association or the rating. If you want help getting access to this data via a plugin, let me know as it's a little more involved than the API methods above (though it is faster as no database access is required).</span><br></div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 2 March 2015 at 14:06, Guillermo Marco Puche <span dir="ltr"><<a href="mailto:guillermo.marco@sistemasgenomicos.com" target="_blank">guillermo.marco@sistemasgenomicos.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  

    
  
  <div text="#000066" bgcolor="#FFFFFF">
    
    Dear devs,<br>
    <br>
    I'm looking forward to retrieve ClinVar information and add it to
    VEP annotation. From my understanding I should be able to retrieve
    "Clinical significance" and "ClinVar Rating".<br>
    <br>
    I've been looking the Varation API, and I'm confused. I guess for
    significance I should use
    
    Bio::EnsEMBL::Variation::Utils::VEP::get_clin_sig() or
    
Bio::EnsEMBL::Variation::VariationFeature::get_all_clinical_significance_states().<br>
    <br>
    What about ClinVar rating? Is it possible to retrieve it from API?<br>
    <br>
    Thanks!<br>
    <br>
    Regards,<br>
    Guillermo.<br>
    <br>
    <br>
  </div>

<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>