
<html>

  <head>


    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8">

  </head>

  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

    Dear Ensembl team,<br>

    I wanted to report a strange behavior/feature of the Compara Gene

    Trees.<br>

    I often see in gene trees that some genes do not branch where they

    are supposed to, which is inevitable I guess. However in some cases,

    this leads to inference of false duplications. I find it very useful

    that Ensembl provides a confidence score for duplications, and

    labels "dubious" duplications, those with a score of 0.<br>

    But I find surprising that a duplication with a score of 1% is

    labeled as "real" duplication. I see this happen quite often, and it

    seems to me that the threshold used to call a dubious duplication

    should be increased.<br>

    <br>

    See for example the

    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8">

    ENSAMXG00000008930 gene, which clusters outside of the fish clade,

    leading to a false duplication at the basis of the vertebrate

    lineage (besides, this gene seems to be only a fragment of the gene

    model, which should be labeled as a gene_split event): <br>

<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.ensembl.org/Astyanax_mexicanus/Gene/Compara_Tree?db=core;g=ENSAMXG00000008930;r=KB882106.1:4258864-4262355;t=ENSAMXT00000009178;collapse=2625743,2625667,2625666,2625573">http://www.ensembl.org/Astyanax_mexicanus/Gene/Compara_Tree?db=core;g=ENSAMXG00000008930;r=KB882106.1:4258864-4262355;t=ENSAMXT00000009178;collapse=2625743,2625667,2625666,2625573</a><br>

    <br>

    Maybe there is some justification for this choice, please let me

    know what you think.<br>

    Best regards<br>

    Julien<br>

    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 

Julien Roux

Marie-Curie postdoctoral fellow

Department of Ecology and Evolution, University of Lausanne, Switzerland

<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.unil.ch/dee/home/menuinst/people/post-docs--associates/dr-julien-roux.html">http://www.unil.ch/dee/home/menuinst/people/post-docs--associates/dr-julien-roux.html</a>

Tel: +41 78 700 2931

</pre>

  </body>

</html>