<div dir="ltr"><div style="font-size:12.8000001907349px">After installing Ensembl_v79, I annotated vep cache with GRch37. </div><div style="font-size:12.8000001907349px">When doing so I got a following message:  <br>Can't call method "impact" on an undefined value at /mnt/lustre/Tools/VEP/src/ensembl-tools-release-79/scripts/variant_effect_predictor                                          <br>/Bio/EnsEMBL/Variation/Utils/VEP.pm line 2379.</div><div style="font-size:12.8000001907349px"><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px">When I checked the following source file, there is no definition of imapct() function. There is only function name in the same line.</div><div style="font-size:12.8000001907349px">Isn't that a bug?</div><div style="font-size:12.8000001907349px"><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px">Also, in same condition, annotating only vep cache with GRCh38 version was successful.</div><div style="font-size:12.8000001907349px"><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px">What is going on?</div><div style="font-size:12.8000001907349px"><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px">Additionally, when I was annotating vep cache with GRCh38 version, there is a warning message in cache file.</div><div style="font-size:12.8000001907349px">The warning message is as follow:</div><span style="font-size:12.8000001907349px"><div>WARNING: Could not find variation cache for 22:51000001-52000000</div><div>WARNING: Could not find variation cache for 22:51000001-52000000</div><div>WARNING: Could not find variation cache for 22:51000001-52000000</div><div>WARNING: Could not find variation cache for 22:51000001-52000000</div><div>WARNING: Could not find cache for 22:51000001-52000000</div><div>WARNING: Could not find cache for 22:51000001-52000000</div><div><br></div></span><div style="font-size:12.8000001907349px">When I checked the actual cache folder, there is no file in such range. Is this something I should consider or can I ignore this message?</div><div style="font-size:12.8000001907349px"><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px">For your information, the vep cahce is downloaded in this location:</div><div style="font-size:12.8000001907349px"><a href="ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-79/variation/VEP/homo_sapiens_vep_79_GRCh38.tar.gz" target="_blank">ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-79/variation/VEP/homo_sapiens_vep_79_GRCh38.tar.gz</a></div><div style="font-size:12.8000001907349px"><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px">Thank you very much!</div></div>