<div dir="ltr">Hi Seth,<div><br></div><div>A couple of possible pitfalls here. Firstly, e!Genomes release numbers are different to Ensembl version numbers, so you need to specify the correct --cache_version number. Secondly, the default database connection options connect you to <a href="http://ensembldb.ensembl.org">ensembldb.ensembl.org</a>, which hosts our vertebrate genomes; you can switch to using the e!Genomes server with --genomes or use --offline to avoid the DB connection entirely.</div><div><br></div><div>Here's what I did to check it works:</div><div><br></div><div>> curl <a href="ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/protists/current/vep/plasmodium_berghei_vep_25_May_2010.tar.gz">ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/protists/current/vep/plasmodium_berghei_vep_25_May_2010.tar.gz</a> > ~/.vep/pb.tgz<br></div><div>> tar -C ~/.vep/ -xzf ~/.vep/pb.tgz<br></div><div>> echo "1 358941 358941 C/T 1" | perl <a href="http://variant_effect_predictor.pl">variant_effect_predictor.pl</a> -force -offline -species plasmodium_berghei -cache_version 25 -o STDOUT | grep -v #</div><div>1_358941_C/T    1:358941        T       PBANKA_010970   PBANKA_010970:mRNA      Transcript      downstream_gene_variant -       -       -       -       -</div><div>        -       IMPACT=MODIFIER;DISTANCE=3801;STRAND=-1</div><div>1_358941_C/T    1:358941        T       PBANKA_010960   PBANKA_010960:mRNA      Transcript      upstream_gene_variant   -       -       -       -       -</div><div>        -       IMPACT=MODIFIER;DISTANCE=2312;STRAND=1</div><div>1_358941_C/T    1:358941        T       PBANKA_010930   PBANKA_010930:mRNA      Transcript      upstream_gene_variant   -       -       -       -       -</div><div>        -       IMPACT=MODIFIER;DISTANCE=2782;STRAND=-1</div><div>1_358941_C/T    1:358941        T       PBANKA_010940   PBANKA_010940:mRNA      Transcript      upstream_gene_variant   -       -       -       -       -</div><div>        -       IMPACT=MODIFIER;DISTANCE=1008;STRAND=-1</div><div>1_358941_C/T    1:358941        T       PBANKA_010950   PBANKA_010950:mRNA      Transcript      missense_variant        4       4       2       L/F     Ctt/Ttt  -       IMPACT=MODERATE;STRAND=1</div><div><br></div><div>HTH</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 20 March 2015 at 15:23, Seth Redmond <span dir="ltr"><<a href="mailto:snr@sanger.ac.uk" target="_blank">snr@sanger.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word">
<div>
<div>
<div style="word-wrap:break-word">
<div>I’m having some trouble getting the VEP to work on a P.berghei cache downloaded from ensemblgenomes (<a href="ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/protists/current/vep/" target="_blank">ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/protists/current/vep/</a>). Though it doesn’t seem to
 be throwing any errors and is apparently reading in the correct files for each chromosome, I’m still not getting any transcripts found for any loci. </div>
<div><br>
</div>
<div>Could be a version issue, but is there any way to be sure of the ensembl version from the cache itself? or is there somewhere else I should be looking?</div>
<div><br>
</div>
<div>thanks</div>
<div><br>
</div>
<div>-s</div>
<div><br>
</div>
<br>
<div>
<div style="letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word">
<div>--</div>
<div>
<div style="word-wrap:break-word">
<div>Seth Redmond</div>
<div>Senior Bioinformatician<br>
Parasite Genomics<br>
  Wellcome Trust Sanger Institute<br>
  Genome Campus</div>
<div>  Hinxton CB10 1SA</div>
<div><a href="mailto:snr@sanger.ac.uk" target="_blank">snr@sanger.ac.uk</a></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
<br>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>