<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>Looking at the CADD website, it seems the data files for indels are separate from those for SNVs.</div><div><br></div><div>I've updated the CADD plugin (<a href="https://github.com/ensembl-variation/VEP_plugins/blob/master/CADD.pm">https://github.com/ensembl-variation/VEP_plugins/blob/master/CADD.pm</a>) to be able to run with more than one CADD data file specified, e.g.:</div><div><br></div><div>perl <a href="http://variant_effect_predictor.pl">variant_effect_predictor.pl</a> [your_options] -plugin CADD,whole_genome_SNVs.tsv.gz,InDels.tsv.gz<br></div><div><br></div><div>Hopefully this should work for you</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 3 April 2015 at 10:32, Kirsley CHENNEN <span dir="ltr"><<a href="mailto:kchennen@unistra.fr" target="_blank">kchennen@unistra.fr</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
    I would like to know how to use the CADD plugin with VEP to annotate both SNP and indels? In the plugin head description, it seems to refer only to SNP. Is there a way to annotate the indels too?<br>
<br>
<br>
Regards,<br>
Kirsley Chennen<br>
</blockquote></div><br></div>