<div dir="ltr"><div>I use ensembl v79.</div><div><br></div><div>command is the following :</div><div><br></div><div>/xx/perl520/bin/perl /xxx/VEP/src/ensembl-tools/scripts/variant_effect_predictor/<a href="http://variant_effect_predictor.pl">variant_effect_predictor.pl</a> -i /xxxx/VEP/sample/FC613-3.GATKv3.3-0.Filtered.Varinats.vcf --cache --offline --everything --force_overwrite --dir /xxx/VEP/cache/GRCh37 -o /xxx/VEP/20150410_Exome/out.vcf --vcf --species homo_sapiens --xref_refseq --regulatory --flag_pick  --buffer_size 5000 --fork 10 <b> --hgvs --force --fasta /xxx/VEP/cache/GRCh37/Homo_sapiens.GRCh37.75.dna.primary_assembly.fa</b><br></div><div><br></div><div>error message</div><div> :Use of uninitialized value in reverse at /mnt/lustre/Tools/VEP/src/ensembl-tools-release-79/scripts/variant_effect_predictor/Bio/EnsEMBL/Utils/Sequence.pm line 90.</div><div><br></div><div>This message happens in the following option:</div><div>  <b> --hgvs --force --fasta /xxx/VEP/cache/GRCh37/Homo_sapiens.GRCh37.75.dna.primary_assembly.fa</b></div><div><b><br></b></div><div>this command is good in cache of refseq version.<br></div><div><br></div><div><br></div><div>Why?</div><div><br></div><div><br></div><div><b><br></b></div><div><b><br></b></div><div><b><br></b></div><div><b><br></b></div><div><b><br></b></div><div><b><br></b></div><div><b><br></b></div><div><b><br></b></div><div><b><br></b></div><div><b><br></b></div><div><b><br></b></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div>