<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Hi Juan<div class=""><br class=""></div><div class="">We currently only produce chain files (for our own Assembly Converter) for those species where we’ve done an assembly mapping through our core pipeline. Perhaps our compara team can chime in with whether it’s feasible to create them based on pairwise alignments.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Cheers</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Anne</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On 12 Apr 2015, at 09:42, Juan Pascual Anaya <<a href="mailto:jpascualanaya@gmail.com" class="">jpascualanaya@gmail.com</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div dir="ltr" class="">Hi Ensembl team,<div class=""><br class=""></div><div class="">I am currently doing a comparative analysis of some ChIP-seq datasets between mouse, chicken and turtle (P. sinensis). Therefore, I was interested in getting a cross-species coordinate conversion, like assembly converter or liftover. I've seen that you have these two pairwise alignments done:</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><div class="">Mouse-Chicken pairwise alignment</div><div class=""><a href="http://www.ensembl.org/info/genome/compara/mlss.html?mlss=633" class="">http://www.ensembl.org/info/genome/compara/mlss.html?mlss=633</a></div><div class=""><br class=""></div><div class="">Chicken-Turtle pairwise alignment</div><div class=""><a href="http://www.ensembl.org/info/genome/compara/mlss.html?mlss=657" class="">http://www.ensembl.org/info/genome/compara/mlss.html?mlss=657</a></div><div class=""><br class=""></div><div class="">So, I was wondering if I could get the best subset of chains from your LASTZ-net results (i.e., the liftover chain files) so that I can do myself a liftOver. I have not seen this files for download in the Ensembl webpage, so could you let me know how to get them?</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Thank you very much,</div><div class="">Juan</div><div class=""><br class=""></div>
</div></div>
_______________________________________________<br class="">Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" class="">Dev@ensembl.org</a><br class="">Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" class="">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br class="">Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" class="">http://www.ensembl.info/</a><br class=""></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>