<div dir="ltr">Hi Anne,<div><br></div><div>Thank you very much for your reply!</div><div><br></div><div>According to those links that I sent about the pairwise alignments I'm interested in, you can read the following:</div><div><br></div><div><span style="color:rgb(85,85,85);font-family:'Luxi Sans',Helvetica,Arial,Geneva,sans-serif;font-size:12.8000001907349px;line-height:16px">"After running LastZ, the raw LastZ alignment blocks are chained according to their location in both genomes. During the final netting process, the best sub-chain is chosen in each region on the reference species."</span><br></div><br>So, I thought that those chain files were already done and available somewhere.<br><br>I'm using all my genome coordinates from Ensembl (e74), so I guess I could also use your Assembly Converter tool, but I would still need the chain files, right? Here:<div><br></div><div><a href="http://www.ensembl.org/info/docs/webcode/mirror/tools/assembly_converter.html" target="_blank">http://www.ensembl.org/info/docs/webcode/mirror/tools/assembly_converter.html</a></div><div><br></div><div>when I try to go to the FTP site where the "current chain files" are, the site doesn's exist, so I thought that this method is out of date.</div><div><br></div><div>If the Compara team has more info about this, that would be great!</div><div><br></div><div>Thanks!</div><div>Juan<br><div><br></div><div><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Apr 13, 2015 at 8:00 PM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:dev-request@ensembl.org" target="_blank">dev-request@ensembl.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://lists.ensembl.org/pipermail/dev/attachments/20150413/ce034369/attachment-0001.htm" target="_blank">http://lists.ensembl.org/pipermail/dev/attachments/20150413/ce034369/attachment-0001.htm</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Mon, 13 Apr 2015 09:24:21 +0100<br>
From: Anne Lyle <<a href="mailto:annelyle@ebi.ac.uk" target="_blank">annelyle@ebi.ac.uk</a>><br>
Subject: Re: [ensembl-dev] chain files to build cross-species<br>
        coordinates     conversion (liftover)<br>
To: Ensembl dev list <<a href="mailto:dev@ensembl.org" target="_blank">dev@ensembl.org</a>><br>
Message-ID: <<a href="mailto:326CB180-BB1F-4218-90E6-722656215245@ebi.ac.uk" target="_blank">326CB180-BB1F-4218-90E6-722656215245@ebi.ac.uk</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Hi Juan<br>
<br>
We currently only produce chain files (for our own Assembly Converter) for those species where we?ve done an assembly mapping through our core pipeline. Perhaps our compara team can chime in with whether it?s feasible to create them based on pairwise alignments.<br>
<br>
Cheers<br>
<br>
Anne<br>
<br>
<br>
> On 12 Apr 2015, at 09:42, Juan Pascual Anaya <<a href="mailto:jpascualanaya@gmail.com" target="_blank">jpascualanaya@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
> Hi Ensembl team,<br>
><br>
> I am currently doing a comparative analysis of some ChIP-seq datasets between mouse, chicken and turtle (P. sinensis). Therefore, I was interested in getting a cross-species coordinate conversion, like assembly converter or liftover. I've seen that you have these two pairwise alignments done:<br>
><br>
> Mouse-Chicken pairwise alignment<br>
> <a href="http://www.ensembl.org/info/genome/compara/mlss.html?mlss=633" target="_blank">http://www.ensembl.org/info/genome/compara/mlss.html?mlss=633</a> <<a href="http://www.ensembl.org/info/genome/compara/mlss.html?mlss=633" target="_blank">http://www.ensembl.org/info/genome/compara/mlss.html?mlss=633</a>><br>
><br>
> Chicken-Turtle pairwise alignment<br>
> <a href="http://www.ensembl.org/info/genome/compara/mlss.html?mlss=657" target="_blank">http://www.ensembl.org/info/genome/compara/mlss.html?mlss=657</a> <<a href="http://www.ensembl.org/info/genome/compara/mlss.html?mlss=657" target="_blank">http://www.ensembl.org/info/genome/compara/mlss.html?mlss=657</a>><br>
><br>
> So, I was wondering if I could get the best subset of chains from your LASTZ-net results (i.e., the liftover chain files) so that I can do myself a liftOver. I have not seen this files for download in the Ensembl webpage, so could you let me know how to get them?<br>
><br>
> Thank you very much,<br>
> Juan<br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://lists.ensembl.org/pipermail/dev/attachments/20150413/09f0daa9/attachment-0001.htm" target="_blank">http://lists.ensembl.org/pipermail/dev/attachments/20150413/09f0daa9/attachment-0001.htm</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div>-- <br><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><br></div>Juan Pascual-Anaya, PhD<div>Research Scientist<br>Evolutionary Morphology Laboratory, RIKEN<br><div>2-2-3 Minatojima-minamimachi</div><div>Chuo-ku, Kobe, Hyogo 650-0047<br>Japan</div></div></div></div></div></div>
</div></div></div></div>