<div dir="ltr">Dear Duarte,<div><br></div><div>Just looking at the transcript/exon information here <a href="http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Exons?db=core;g=ENSG00000049245;r=1:7772707-7779806;t=ENST00000470357">http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Exons?db=core;g=ENSG00000049245;r=1:7772707-7779806;t=ENST00000470357</a> it appears as though some of the coordinates you have given correspond to exons? What EnsEMBL release are you using? I'm not sure if I understand correctly, but is it the 5 prime + 3 prime UTRs and the intron sequences that you want?</div><div><br></div><div>You can use $transcript->get_all_Introns() to retrieve the non-coding regions between the exons (implicitly defined as introns). The coordinates from the beginning of the gene, e.g. $gene->start() to the beginning of the transcript, e.g. $transcript->start() should be the 5 prime UTR sequence (which should be the same as 5' UTR start and end you used - so not sure why you were getting the other values?), and the $transcript->end() to $gene->end() should be the 3 prime UTR coordinates.</div><div><br></div><div>Is that what you want?</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div><br></div><div>Steve</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 14 April 2015 at 13:40, Duarte Molha <span dir="ltr"><<a href="mailto:duartemolha@gmail.com" target="_blank">duartemolha@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Dear Developers</div><div><br></div><div>Please consider the transcript :</div><div><br></div><div>ENST00000470357</div><div><br></div><div>I am trying to retrieve the coordinates of UTR regions of this transcript</div><div>To this end I have a script that basicaly starts with the transcript feature object $transcript</div><div><br></div><div>my $five_prime  = $transcript->five_prime_utr_Feature;</div><div><br></div><div>$feature_params->{start} = $five_prime->start;</div><div>$feature_params->{end}  = $five_prime->end;</div><div><br></div><div>However, in this case the script will output the coordinates from the start of the 1st non_coding exon to the end of the non-coding portion of the 3rd exon (chr1<span style="white-space:pre-wrap">  </span>7772707<span style="white-space:pre-wrap"> </span>7777171).</div><div>How can I change this so that the script will only output the coordinates of the non-coding exon portions?</div><div><br></div><div>In this case I would like to output:</div><div><br></div><div>chr1<span style="white-space:pre-wrap">      </span>7772707<span style="white-space:pre-wrap"> </span>7773198</div><div>chr1<span style="white-space:pre-wrap">      </span>7773442<span style="white-space:pre-wrap"> </span>7773511</div><div>chr1<span style="white-space:pre-wrap">      </span>7777160<span style="white-space:pre-wrap"> </span>7777171</div><div><br></div><div>This there a simple way of achieving this?</div><div><br></div><div>Many thanks</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div>Duarte</div><div><br></div><div>
</div></font></span></div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br></blockquote></div>
</div></div>