<div dir="ltr">Anyone able to provide me some help on this? <div><br></div><div>I have now found away around this issue by finding the exonic regions within the reported URT, but would very much like to understand the thinking behind this.</div><div><br></div><div>Best regards</div><div><br>Duarte</div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature"><font style="background-color:rgb(255,255,255)" color="#999999">=========================<br>     Duarte Miguel Paulo Molha      <br></font><div><font style="background-color:rgb(255,255,255)" color="#999999">         <a href="http://about.me/duarte" target="_blank">http://about.me/duarte</a>         <br>=========================</font></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On 14 April 2015 at 13:40, Duarte Molha <span dir="ltr"><<a href="mailto:duartemolha@gmail.com" target="_blank">duartemolha@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Dear Developers</div><div><br></div><div>Please consider the transcript :</div><div><br></div><div>ENST00000470357</div><div><br></div><div>I am trying to retrieve the coordinates of UTR regions of this transcript</div><div>To this end I have a script that basicaly starts with the transcript feature object $transcript</div><div><br></div><div>my $five_prime  = $transcript->five_prime_utr_Feature;</div><div><br></div><div>$feature_params->{start} = $five_prime->start;</div><div>$feature_params->{end}  = $five_prime->end;</div><div><br></div><div>However, in this case the script will output the coordinates from the start of the 1st non_coding exon to the end of the non-coding portion of the 3rd exon (chr1<span style="white-space:pre-wrap">     </span>7772707<span style="white-space:pre-wrap"> </span>7777171).</div><div>How can I change this so that the script will only output the coordinates of the non-coding exon portions?</div><div><br></div><div>In this case I would like to output:</div><div><br></div><div>chr1<span style="white-space:pre-wrap">      </span>7772707<span style="white-space:pre-wrap"> </span>7773198</div><div>chr1<span style="white-space:pre-wrap">      </span>7773442<span style="white-space:pre-wrap"> </span>7773511</div><div>chr1<span style="white-space:pre-wrap">      </span>7777160<span style="white-space:pre-wrap"> </span>7777171</div><div><br></div><div>This there a simple way of achieving this?</div><div><br></div><div>Many thanks</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div>Duarte</div><div><br></div><div>
</div></font></span></div>
</blockquote></div><br></div>