<div dir="ltr">Actualy do have an undocumented method called public Bio::EnsEMBL::Utils::IO::GTFSerializer::get_all_UTR_features() <div><br></div><div>What is that all about ?</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature"><font style="background-color:rgb(255,255,255)" color="#999999">=========================<br>     Duarte Miguel Paulo Molha      <br></font><div><font style="background-color:rgb(255,255,255)" color="#999999">         <a href="http://about.me/duarte" target="_blank">http://about.me/duarte</a>         <br>=========================</font></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On 16 April 2015 at 21:35, Duarte Molha <span dir="ltr"><<a href="mailto:duartemolha@gmail.com" target="_blank">duartemolha@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Yes... I knew of that method... had just forgot it. I still think the reverse of it would be useful on it own. <span style="font-size:12.8000001907349px">get_all_untranslateable_Exons.</span><br style="font-size:12.8000001907349px"><div><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div></div><div class="gmail_extra"><span class=""><br clear="all"><div><div><font style="background-color:rgb(255,255,255)" color="#999999">=========================<br>     Duarte Miguel Paulo Molha      <br></font><div><font style="background-color:rgb(255,255,255)" color="#999999">         <a href="http://about.me/duarte" target="_blank">http://about.me/duarte</a>         <br>=========================</font></div></div></div>
<br></span><div><div class="h5"><div class="gmail_quote">On 16 April 2015 at 21:29,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:mr6@ebi.ac.uk" target="_blank">mr6@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Duarte,<br>
<br>
You might find the get_all_translateable_Exons method useful.<br>
<a href="http://www.ensembl.org/info/docs/Doxygen/core-api/classBio_1_1EnsEMBL_1_1Transcript.html#a17e718ddd3d054de7b358029e6d48d20" target="_blank">http://www.ensembl.org/info/docs/Doxygen/core-api/classBio_1_1EnsEMBL_1_1Transcript.html#a17e718ddd3d054de7b358029e6d48d20</a><br>
<br>
This would correspond to the get_coding_regions you are looking for, as<br>
the exons returned are truncated to their coding region.<br>
For the get_noncoding_regions however, you would need to look at all the<br>
features from get_all_Exons that are not in get_all_translateable_Exons.<br>
<br>
<br>
Hope that helps,<br>
Magali<br>
<span><br>
> Thanks Kieron<br>
><br>
> I understand your point of view... but I still think there is a case for a<br>
> couple of methods to be implemented in the transcript object:<br>
> @{$transcript->get_coding_regions} and<br>
> @{$transcript->get_noncoding_regions}<br>
><br>
> Both returning feature objects. Am I the only one to find these useful? I<br>
> hope not :)<br>
><br>
> Thanks<br>
><br>
</span><span>> Duarte<br>
><br>
><br>
><br>
> =========================<br>
>      Duarte Miguel Paulo Molha<br>
>          <a href="http://about.me/duarte" target="_blank">http://about.me/duarte</a><br>
> =========================<br>
><br>
</span><span>> On 16 April 2015 at 16:19, Kieron Taylor <<a href="mailto:ktaylor@ebi.ac.uk" target="_blank">ktaylor@ebi.ac.uk</a>> wrote:<br>
><br>
</span><div><div>>> Hi Duarte,<br>
>><br>
>> The coordinates you’re getting back are pre-splicing. The method you’re<br>
>> calling is from the Transcript class, hence the response is with<br>
>> reference<br>
>> to that object. If you’re after exon coordinates, you should be<br>
>> attempting<br>
>> to work with exon objects, such as fetching the exons of the transcript<br>
>> and<br>
>> asking them for coding_region_start($transcript) until numbers start<br>
>> appearing. Your workaround is also a valid approach.<br>
>><br>
>> My explanation isn’t very satisfactory, but we try to avoid writing<br>
>> methods that need complex return types, such as the list of lists<br>
>> required<br>
>> for your usecase. More often than not, users require other attributes of<br>
>> the objects too, so you would still end up with a list of exons. I hope<br>
>> that helps.<br>
>><br>
>> Regards,<br>
>><br>
>> Kieron<br>
>><br>
>><br>
>> Kieron Taylor PhD.<br>
>> Ensembl Core senior software developer<br>
>><br>
>> EMBL, European Bioinformatics Institute<br>
>><br>
>><br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> > On 16 Apr 2015, at 09:15, Duarte Molha <<a href="mailto:duartemolha@gmail.com" target="_blank">duartemolha@gmail.com</a>> wrote:<br>
>> ><br>
>> > Anyone able to provide me some help on this?<br>
>> ><br>
>> > I have now found away around this issue by finding the exonic regions<br>
>> within the reported URT, but would very much like to understand the<br>
>> thinking behind this.<br>
>> ><br>
>> > Best regards<br>
>> ><br>
>> > Duarte<br>
>> ><br>
>> ><br>
>> > =========================<br>
>> >      Duarte Miguel Paulo Molha<br>
>> >          <a href="http://about.me/duarte" target="_blank">http://about.me/duarte</a><br>
>> > =========================<br>
>> ><br>
>> > On 14 April 2015 at 13:40, Duarte Molha <<a href="mailto:duartemolha@gmail.com" target="_blank">duartemolha@gmail.com</a>> wrote:<br>
>> > Dear Developers<br>
>> ><br>
>> > Please consider the transcript :<br>
>> ><br>
>> > ENST00000470357<br>
>> ><br>
>> > I am trying to retrieve the coordinates of UTR regions of this<br>
>> transcript<br>
>> > To this end I have a script that basicaly starts with the transcript<br>
>> feature object $transcript<br>
>> ><br>
>> > my $five_prime  = $transcript->five_prime_utr_Feature;<br>
>> ><br>
>> > $feature_params->{start} = $five_prime->start;<br>
>> > $feature_params->{end}  = $five_prime->end;<br>
>> ><br>
>> > However, in this case the script will output the coordinates from the<br>
>> start of the 1st non_coding exon to the end of the non-coding portion of<br>
>> the 3rd exon (chr1     7772707 7777171).<br>
>> > How can I change this so that the script will only output the<br>
>> coordinates of the non-coding exon portions?<br>
>> ><br>
>> > In this case I would like to output:<br>
>> ><br>
>> > chr1  7772707 7773198<br>
>> > chr1  7773442 7773511<br>
>> > chr1  7777160 7777171<br>
>> ><br>
>> > This there a simple way of achieving this?<br>
>> ><br>
>> > Many thanks<br>
>> ><br>
>> > Duarte<br>
>> ><br>
>> ><br>
>> > _______________________________________________<br>
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