<div dir="ltr">That's great news! Protein-based coordinates are actually more convenient for me (and, I suspect, most other people).<br><br><div>Thanks,</div><div>Greg</div></div><br><div class="gmail_quote">On Thu, Apr 23, 2015 at 3:28 PM Thomas Maurel <<a href="mailto:maurel@ebi.ac.uk">maurel@ebi.ac.uk</a>> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Dear Greg,<div><br></div><div>Just to let you know that we will add the domain coordinates to the Ensembl gene and vega marts in our next Ensembl release (e!80).</div><div>Please note that the coordinate will be protein based since this is how we calculate and store them in Ensembl. </div><div><br></div><div>Hope this helps,</div><div>Regards,</div><div>Thomas </div></div><div style="word-wrap:break-word"><div><div><blockquote type="cite"><div>On 17 Apr 2015, at 15:17, Greg Slodkowicz <<a href="mailto:gregs@ebi.ac.uk" target="_blank">gregs@ebi.ac.uk</a>> wrote:</div><br><div><div dir="ltr">Hi Thomas,<br>Thanks for getting back to me so quickly. That would be great. Currently I obtain these annotations using the Perl API but if they were available in Biomart, I could do all my analysis within R.<div><br></div><div>Cheers,</div><div>Greg<br><div><br></div><div>On Fri, Apr 17, 2015 at 10:44 AM Thomas Maurel <<a href="mailto:maurel@ebi.ac.uk" target="_blank">maurel@ebi.ac.uk</a>> wrote:<div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Greg,<br>
<br>
I am afraid that domain coordinates are not available in the Ensembl Gene mart at the moment but we are looking into adding this in the future since we already had few requests.<br>
<br>
Thanks a lot for your feedback.<br>
Regards,<br>
Thomas<br>
> On 17 Apr 2015, at 10:35, Greg Slodkowicz <<a href="mailto:gregs@ebi.ac.uk" target="_blank">gregs@ebi.ac.uk</a>> wrote:<br>
><br>
> Hi Ensembl team,<br>
> I'm trying to fetch Pfam and transmembrane domain annotations using the biomaRt package. I noticed that while there are attributes for the annotations themselves ('pfam' and 'transmembrane_domain'), there seem to be no attributes for the coordinates of these domains. Is there a way to get them?<br>
><br>
> Many thanks,<br>
> Greg<br>
> _______________________________________________<br>
> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br>
--<br>
Thomas Maurel<br>
Bioinformatician - Ensembl Production Team<br>
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)<br>
European Molecular Biology Laboratory<br>
Wellcome Trust Genome Campus<br>
Hinxton<br>
Cambridge CB10 1SD<br>
United Kingdom<br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div></div></div></div>
_______________________________________________<br>Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br></div></blockquote></div><br><div>
<div><div>--</div><div>Thomas Maurel<br>Bioinformatician - Ensembl Production Team<br>European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)<br>European Molecular Biology Laboratory<br>Wellcome Trust Genome Campus<br>Hinxton<br>Cambridge CB10 1SD<br>United Kingdom</div></div>

</div>
<br></div></div>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div>