<div dir="ltr">Thanks very much Sarah. This is good to know. We're using VEP v79 in offline more, on command line, on GRCh37 loci. Do we need to update to v80, to be able to use the --shift-hgvs option?<div><br></div><div>Cheers!</div><div><br></div><div>~Cyriac</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, May 22, 2015 at 4:39 AM, Sarah Hunt <span dir="ltr"><<a href="mailto:seh@ebi.ac.uk" target="_blank">seh@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <br>
    Hi Cyriac,<br>
    <br>
    Thanks for the query - could you supply a bit more information?. Are
    you using VEP through the web site, REST or by command line? Is your
    data on GRCh37 or GRCh38? <br>
    <br>
    Prior to e!80, non-shifted desriptions were our default and the
    --shift_hgvs option had to be selected when using the command line
    script to produce 3' shifted HGVS annotation. As of e!80, shifted
    descriptions will be the default and there will be a command line
    option to turn them off. <br>
    <br>
    The GRCh38 website was updated to e!80 yesterday and the GRCh37 site
    will be updated shortly.<br>
    <br>
    Best wishes,<br>
    <br>
    Sarah<div><div class="h5"><br>
    <br>
    <div>On 21/05/2015 20:29, Cyriac Kandoth
      wrote:<br>
    </div>
    </div></div><blockquote type="cite"><div><div class="h5">
      <div dir="ltr">
        <div>Here is a VCF-format example of an insertion within a
          tandem repeat region, that reports HGVSp = p.Ala771_Tyr772ins.</div>
        <div>17 37880984 . A ATACGTGATGGCT . . .</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>HGVS, at least for deletions, states "the most 3' position
          possible is arbitrarily assigned to have been changed". This
          is different from the oft-used convention of "left-shifting"
          indels. So what's the correct solution here?</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>This one's pretty complicated and I'm still trying to get
          my head around it. But I would love to hear from someone who
          worked on implementing HGVS notations into VEP.<br>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Thanks!</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>~Cyriac</div>
      </div>
      <br>
      <fieldset></fieldset>
      <br>
      </div></div><pre>_______________________________________________
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </div>

<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>