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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hi,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">I used VEP on wheat data on Friday (5<sup>th</sup> of June) without problems (ensembl-tools-80)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">perl variant_effect_predictor.pl -i input.vcf -o output.txt --cache --species triticum_aestivum --cache_version 26<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">I tried running more data today, but keep getting error message:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">-------------------- WARNING ----------------------<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">MSG: triticum_aestivum is not a valid species name (check DB and API version)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">FILE: Bio/EnsEMBL/Registry.pm LINE: 1198<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">CALLED BY: Bio/EnsEMBL/Registry.pm LINE: 983<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Date (localtime) = Tue Jun 9 10:20:21 2015<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Ensembl API version = 80<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">---------------------------------------------------<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">-------------------- EXCEPTION --------------------<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">MSG: Can not find internal name for species 'triticum_aestivum'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">STACK Bio::EnsEMBL::Registry::get_adaptor /usr/users/celldev/adamskin/Downloads/ensembl-tools-release-80/scripts/variant_effect_predictor/Bio/EnsEMBL/Registry.pm:985<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">STACK main::connect_to_dbs variant_effect_predictor.pl:1205<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">STACK main::configure variant_effect_predictor.pl:794<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">STACK toplevel variant_effect_predictor.pl:142<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Date (localtime) = Tue Jun 9 10:20:21 2015<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Ensembl API version = 80<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">---------------------------------------------------<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Using the --genomes flag results in the same error message.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Is the server down?<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Many thanks for your help<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">cheers<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">nikolai<o:p></o:p></p>
</div>
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