<div dir="ltr">Hi Nikolai,<div><br></div><div>The release 80 databases are not yet available.</div><div><br></div><div>You may either use --offline to avoid checking the database connection, or "--db_version 79" to force VEP to connect to the release 79 databases.</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 9 June 2015 at 10:24, Nikolai Adamski (JIC) <span dir="ltr"><<a href="mailto:Nikolai.Adamski@jic.ac.uk" target="_blank">Nikolai.Adamski@jic.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">





<div lang="EN-GB" link="blue" vlink="purple">
<div>
<p class="MsoNormal">Hi,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">I used VEP on wheat data on Friday (5^th of June) without problems (ensembl-tools-80)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">perl <a href="http://variant_effect_predictor.pl" target="_blank">variant_effect_predictor.pl</a> -i input.vcf -o output.txt --cache --species triticum_aestivum --cache_version 26<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">I tried running more data today, but keep getting error message:<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">-------------------- WARNING ----------------------<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">MSG: triticum_aestivum is not a valid species name (check DB and API version)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">FILE: Bio/EnsEMBL/Registry.pm LINE: 1198<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">CALLED BY: Bio/EnsEMBL/Registry.pm  LINE: 983<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Date (localtime)    = Tue Jun  9 10:20:21 2015<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Ensembl API version = 80<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">---------------------------------------------------<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">-------------------- EXCEPTION --------------------<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">MSG: Can not find internal name for species 'triticum_aestivum'<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">STACK Bio::EnsEMBL::Registry::get_adaptor /usr/users/celldev/adamskin/Downloads/ensembl-tools-release-80/scripts/variant_effect_predictor/Bio/EnsEMBL/Registry.pm:985<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">STACK main::connect_to_dbs <a href="http://variant_effect_predictor.pl:1205" target="_blank">variant_effect_predictor.pl:1205</a><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">STACK main::configure <a href="http://variant_effect_predictor.pl:794" target="_blank">variant_effect_predictor.pl:794</a><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">STACK toplevel <a href="http://variant_effect_predictor.pl:142" target="_blank">variant_effect_predictor.pl:142</a><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Date (localtime)    = Tue Jun  9 10:20:21 2015<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Ensembl API version = 80<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">---------------------------------------------------<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Using the --genomes flag results in the same error message.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Is the server down?<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Many thanks for your help<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">cheers<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><u></u><u></u></font></span></p><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
<p class="MsoNormal">nikolai<u></u><u></u></p>
</font></span></div>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>