<div dir="ltr">Hi Shawn,<div><br></div><div>The v65 cache included SIFT and PolyPhen scores (<a href="ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-65/variation/VEP/homo_sapiens/">ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-65/variation/VEP/homo_sapiens/</a>) but I've just given it a quick test with v80 code and it fails if you try to use SIFT or PolyPhen.</div><div><br></div><div>You might have some luck hacking the info.txt file in that cache file once you've unpacked it to ~/.vep/, something like:</div><div><br></div><div>echo "source_polyphen 2.2.2|source_sift sift5.2.2" | tr "|" "\n" | tr " " "\t" >> ~/.vep/homo_sapiens/65/info.txt</div><div><br></div><div>and then running VEP as e.g.:</div><div><br></div><div>perl <a href="http://variant_effect_predictor.pl">variant_effect_predictor.pl</a> -i example_GRCh37.vcf -offline -cache_version 65 [etc]<br></div><div><br></div><div>If you are able, it is always safer to match software to data version, so if you can use v65 of VEP (and the API that goes with it), then that's safest. You can either download the relevant version from GitHub, or use git itself to checkout release/65 branches of ensembl-tools, ensembl, ensembl-variation and ensembl-funcgen</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 13 June 2015 at 08:57, Shawn Yost <span dir="ltr"><<a href="mailto:Shawn.Yost@icr.ac.uk" target="_blank">Shawn.Yost@icr.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
  Is there a way to run the current version of VEP (with SIFT and PolyPhen scores) on an older version of Ensembl (specifically Ensembl v65)?<br>
<br>
Thank you,<br>
  Shawn Yost<br>
<br>
The Institute of Cancer Research: Royal Cancer Hospital, a charitable Company Limited by Guarantee, Registered in England under Company No. 534147 with its Registered Office at 123 Old Brompton Road, London SW7 3RP.<br>
<br>
This e-mail message is confidential and for use by the addressee only.  If the message is received by anyone other than the addressee, please return the message to the sender by replying to it and then delete the message from your computer and network.<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div><br></div>