
<html>

  <head>


    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8">

  </head>

  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

    Dear EnsEMBL team,<br>

    <br>

    Using EnsEMBL 79, I am trying to generate a best-guess mapping

    between Uniprot accession numbers and EnsEMBL transcripts. First, I

    tried:<br>

    <br>

    <meta charset="utf-8">

    fetch_all_by_external_name ()<br>

    <br>

    But I noticed that this was leaving a lot of Uniprot accessions

    unmapped. I then checked on the website and found that these Uniprot

    accession tend to come up as "Supporting evidence". However, trying

    <br>

    <br>

    my $transcripts =

$transcript_adaptor->fetch_all_by_transcript_supporting_evidence($accession,"protein_align_feature");<br>

    <br>

    didn't seem to work. I am probably missing something about how this

    data is connected internally - are there feature sources other than

    "protein_align_feature" and "dna_align_feature", or does this

    connect via another adapter?<br>

    <br>

    An example where this is not working for me would be Uniprot entry

    A0M8Q6 <br>

    <br>

    Kind regards,<br>

    <br>

    Marc<br>

  </body>

</html>