<div dir="ltr">Hello Mollie,<div><br></div><div>The VEP can compare the alleles of your input with those from the rs# variants; select "Yes and compare alleles" from the "Find co-located known variants:" dropdown menu under the "Identifiers and frequency data" tab when you submit your job.</div><div><br></div><div>In the standalone tool, you must add the "--check_alleles" flag.</div><div><br></div><div>Online: <a href="http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/online/input.html#ident">http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/online/input.html#ident</a></div><div>Standalone: <a href="http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_options.html#opt_check_existing">http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_options.html#opt_check_existing</a></div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 23 June 2015 at 20:22, Ullman-Cullere, Mollie <span dir="ltr"><<a href="mailto:MULLMANCULLERE@partners.org" target="_blank">MULLMANCULLERE@partners.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">The rs# is a location identifier, where theoretically one rs# may have multiple variants A/T, A/C, A/G.  To muddy the waters further, you may have A/T somatic, A/T germline etc...<br>
<br>
I've been testing VEP GRCh 37 (online version) and found the rs# is returned on a matching of location and not location + nucleotide change.<br>
Would you please confirm functionality for both the online and standalone tools?<br>
<br>
Best regards,<br>
Mollie<br>
<br>
Mollie Ullman-Cullere<br>
Sr. Clinical Bioinformaticist<br>
Clinical and Translational Informatics<br>
Dana-Farber Cancer Institute/Partners Healthcare<br>
<br>
<br>
<br>
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The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is<br>
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but does not contain patient information, please contact the sender and properly<br>
dispose of the e-mail.<br>
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