<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>You are seeing multiple results for the same gene because that gene has multiple alternate transcripts (or splicing variants); VEP by default produces one result "set" per transcript. Most genes will have more than one alternate transcript.</div><div><br></div><div>There are several ways you can reduce this to one per variant or one per gene, see the documentation here: <a href="http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_other.html#pick">http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_other.html#pick</a></div><div><br></div><div>Though please do heed the warnings! I'd guess --per_gene would be of most use to you.</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 25 June 2015 at 14:49, Wibo Pipping <span dir="ltr"><<a href="mailto:wibo@thehyve.nl" target="_blank">wibo@thehyve.nl</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Ensembl team,<div><br></div><div>I have annotated a VCF file with entrez gene IDs using VEP 79. (command used: <span style="color:rgb(0,0,0);font-family:monospace;font-size:14px;line-height:20px;white-space:pre-wrap">perl ~/<a href="http://variant_effect_predictor.pl" target="_blank">variant_effect_predictor.pl</a> -i inputfile.vcf --cache --refseq --vcf --offline</span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:monospace;font-size:14px;line-height:20px;white-space:pre-wrap"><br></span></div>The output I get back has some weird results. Basically it is doing this:<div>







<p><span>GID=6790,6790,6790,6790,6790,6790,6790,6790,6790;GS=AURKA,AURKA,AURKA,AURKA,AURKA,AURKA,AURKA,AURKA,AURKA.</span></p><p><span>This is for one variant. Is there a way I can tell it to not report duplicates in the same variant?</span></p><p>Thank you!</p><p><br></p><p>Regards,</p><p>Wibo Pipping</p></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>