<div dir="ltr">Hi Ensembl team,<div><br></div><div>I have annotated a VCF file with entrez gene IDs using VEP 79. (command used: <span style="color:rgb(0,0,0);font-family:monospace;font-size:14px;line-height:20px;white-space:pre-wrap">perl ~/<a href="http://variant_effect_predictor.pl">variant_effect_predictor.pl</a> -i inputfile.vcf --cache --refseq --vcf --offline</span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:monospace;font-size:14px;line-height:20px;white-space:pre-wrap"><br></span></div>The output I get back has some weird results. Basically it is doing this:<div>







<p class=""><span class="">GID=6790,6790,6790,6790,6790,6790,6790,6790,6790;GS=AURKA,AURKA,AURKA,AURKA,AURKA,AURKA,AURKA,AURKA,AURKA.</span></p><p class=""><span class="">This is for one variant. Is there a way I can tell it to not report duplicates in the same variant?</span></p><p class="">Thank you!</p><p class=""><br></p><p class="">Regards,</p><p class="">Wibo Pipping</p></div></div>