<div dir="ltr">I used this code to get all the gebnomic coordinates of your subcontigs:<div><br></div><div><div><br></div><div>my @slices = @{ $slice_adaptor->fetch_all('clone') };</div><div>foreach my $slice (@slices){<br></div><div><span class="" style="white-space:pre">    </span>$progress->update();</div><div><span class="" style="white-space:pre">    </span>my $clone_name =  $slice->seq_region_name();</div><div><span class="" style="white-space:pre">   </span>my $projection = $slice->project('toplevel');</div><div><span class="" style="white-space:pre">   </span>foreach my $segment ( @{$projection} ) {</div><div><span class="" style="white-space:pre">           </span>my $to_slice = $segment->to_Slice();</div><div><span class="" style="white-space:pre">            </span>print join "\t", ("chr".$to_slice->seq_region_name(), $to_slice->start(), $to_slice->end(), $clone_name."\n"); </div><div><span class="" style="white-space:pre">    </span>}</div><div>}</div></div><div><br></div><div>However, by doing this, the database does not fetch the original clone name </div><div><br></div><div>for example.. using this script I get </div><div>chr4    47567235        47733411        AC092597.1<br></div><div><br></div><div>However I would like to get :</div><div><br></div><div><div>chr4    47567235        47733411        RP11-100N21<br></div></div><div><br></div><div>Can someone explain what I am doing wrong?</div><div><br></div><div>Thanks</div><div><br></div><div>Duarte</div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature"><font style="background-color:rgb(255,255,255)" color="#999999">=========================<br>     Duarte Miguel Paulo Molha      <br></font><div><font style="background-color:rgb(255,255,255)" color="#999999">         <a href="http://about.me/duarte" target="_blank">http://about.me/duarte</a>         <br>=========================</font></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On 30 June 2015 at 09:45, Duarte Molha <span dir="ltr"><<a href="mailto:duartemolha@gmail.com" target="_blank">duartemolha@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Dear devs</div><div><br></div><div>How can I search for a specific clone id present on your tilepath</div><div><br></div><div>for example this: RP5-892C22<br></div><div><br></div><div>I would like to use the perl API if possible</div><div><br></div><div>Many thanks</div><div><br></div><div>Duarte</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><span style="color:rgb(153,153,153)">=========================</span><br></div><div><div><font style="background-color:rgb(255,255,255)" color="#999999">     Duarte Miguel Paulo Molha      <br></font><div><font style="background-color:rgb(255,255,255)" color="#999999">         <a href="http://about.me/duarte" target="_blank">http://about.me/duarte</a>         <br>=========================</font></div></div></div>
</div>
</blockquote></div><br></div>