<div dir="ltr">Hi Jennifer,<div><br></div><div>VEP supports writing output in VCF format, just add --vcf to your command line (1).</div><div><br></div><div>You can also track which allele each "chunk" of output corresponds to with --allele_number (2)</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div><div><br></div><div>1: <a href="http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_options.html#opt_vcf">http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_options.html#opt_vcf</a></div><div>2: <a href="http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_options.html#opt_allele_number">http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_options.html#opt_allele_number</a></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 30 June 2015 at 02:02, Jennifer Yen <span dir="ltr"><<a href="mailto:jennifer.yen@personalis.com" target="_blank">jennifer.yen@personalis.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Ensembl Team,<div><br></div><div>Is there a flag for including the original vcf position and allele in the vep output? For indels the output positions change (specified over a range, rather than the start position in the vcf) and the reference allele is never in the output.  This would be useful for cross-referencing with different files using the positions as identifiers in the vcf. </div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Jenn</div></div>

<br>
<div style="font-size:1.3em"><hr></div><font face="Arial, Helvetica, sans-serif" size="1">This email and any files transmitted with it are confidential and intended solely for the use of the individual or entity to whom they are addressed. This message may contain privileged and / or confidential  information. If you are NOT the intended recipient of this message, copying, printing, disseminating, forwarding or any other use or action derived from its content is strictly prohibited. Please notify the sender immediately by e-mail if you have received this e-mail by error and delete this e-mail from your system. If you received the email by error and this message contains patient information, please report the error by contacting the Personalis Clinical Laboratory at <a href="mailto:clinical@personalis.com" target="_blank">clinical@personalis.com</a>.</font><br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>