<div dir="ltr">Hello,<div><br>I have not seen this error before, I'm afraid.</div><div><br></div><div>I'd try deleting the cache, re-downloading it, and re-running the convert script.</div><div><br></div><div>You will need to delete $HOME/.vep/homo_sapiens/80_GRCh38</div><div><br></div><div>Assuming that you are using Human and GRCh38...</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 2 July 2015 at 05:20, Beifang Niu <span dir="ltr"><<a href="mailto:bniu@genome.wustl.edu" target="_blank">bniu@genome.wustl.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear developers, <div><br></div><div>I am trying to install VEP, but when i ran <a href="http://convert_cache.pl" target="_blank">convert_cache.pl</a>, i got many error message like the following. I am thinking that these errors were caused by tabix tool.  I was trying to search but i failed to find any solution. </div><div><br></div><div>any ideas ? thank you  </div><div><br></div><div><br></div><div><div>[E::get_intv] failed to parse TBX_GENERIC, was wrong -p [type] used?</div><div>The offending line was: "HSCHR16_2_CTG3_1       rs377310485     .       .       69212363        .       T/C     -1      .       .       .       .       .       .       .       .       ..       ."</div><div>[E::get_intv] failed to parse TBX_GENERIC, was wrong -p [type] used?</div><div>The offending line was: "HSCHR16_2_CTG3_1       rs531879943     .       .       69190762        .       G/A     -1      A       0.0002  .       .       .       .       .       .       ..       ."</div></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div><div dir="ltr">This email message is a private communication. The information transmitted, including attachments, is intended only for the person or entity to which it is addressed and may contain confidential, privileged, and/or proprietary material. Any review, duplication, retransmission, distribution, or other use of, or taking of any action in reliance upon, this information by persons or entities other than the intended recipient is unauthorized by the sender and is prohibited. If you have received this message in error, please contact the sender immediately by return email and delete the original message from all computer systems. Thank you.<br></div></div>
</div></font></span></div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>