<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Hi Duarte,<div class="">I'm sorry there was a mistake, you need to use $attribute->code instead of $attribute->name.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Cheers</div><div class="">Thibaut</div><div class=""><br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On 9 Jul 2015, at 09:47, Duarte Molha <<a href="mailto:duartemolha@gmail.com" class="">duartemolha@gmail.com</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div dir="ltr" class="">Hi Thibaut<div class=""><br class=""></div><div class="">I really do not understand how you can be getting data using the script and I get nothing. I Though that it could be something wrong with my own internal data so I have queried your servers instead and I still get nothing back on GRCh37.</div><div class=""><br class=""></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all" class=""><div class=""><div class="gmail_signature"><font style="background-color:rgb(255,255,255)" color="#999999" class="">=========================<br class="">     Duarte Miguel Paulo Molha      <br class=""></font><div class=""><font style="background-color:rgb(255,255,255)" color="#999999" class="">         <a href="http://about.me/duarte" target="_blank" class="">http://about.me/duarte</a>         <br class="">=========================</font></div></div></div>
<br class=""><div class="gmail_quote">On 8 July 2015 at 16:05, Thibaut Hourlier <span dir="ltr" class=""><<a href="mailto:thibaut@ebi.ac.uk" target="_blank" class="">thibaut@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br class=""><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word" class=""><br class=""><div class=""><span class=""><blockquote type="cite" class=""><div class="">On 8 Jul 2015, at 15:43, Duarte Molha <<a href="mailto:duartemolha@gmail.com" target="_blank" class="">duartemolha@gmail.com</a>> wrote:</div><br class=""><div class=""><div dir="ltr" class="">Thank you for your clear explanation Thibaut , but running the risk that you are probably going to hate me by the end of this thread, your script is not working very well for me.<div class=""><br class=""></div><div class="">Here is how I implemented it (assume @input_queries is just an array of clone names ):</div><div class=""><br class=""></div><div class=""> <span style="white-space:pre-wrap" class="">foreach my $query (@input_queries){
                chomp $query;

                if ($parameters->{assembly} == "GRCh37"){
                        my $clones =  $mf_adaptor->fetch_all_by_attribute_type_value( 'clone_name', $query );

                        while ( my $clone = shift @{$clones} ) {
                                foreach my $attribute (@{$clone->get_all_Attributes}) {
                                        if ($attribute->name eq 'embl_acc'){
                                                my $slice = $slice_adaptor->fetch_by_region('clone', $attribute->value);
                                                # You need to project on toplevel to get the proper start and end
                                                my $projection = $slice->project('toplevel');
                                                foreach my $segment (@$projection) {
                                                        print join("\t", $segment->to_Slice->seq_region_name, $segment->to_Slice->start, $segment->to_Slice->end, $query."\n");
                                                }
                                        }
                                }
                        }
                }else{
                        my $clones =  $mf_adaptor->fetch_all_by_attribute_type_value( 'name', $query );

                        while ( my $clone = shift @{$clones} ) {
                                my $slice = $clone->feature_Slice;
                                my $projection = $slice->project('clone');
                                my $clone_slice;
                                foreach my $segment (@$projection) {
                                        #print join("\t", $segment->to_Slice->name, $segment->to_Slice->start, $segment->to_Slice->end, $query."\n");
                                        if (!defined $clone_slice or $clone_slice->length < $segment->to_Slice->length) {
                                                $clone_slice = $segment->to_Slice; # Take the longest as the clone can overlap other clones
                                        }
                                }
                                if ($clone_slice){
                                        my $projection_clone = $clone_slice->project('toplevel');
                                        foreach my $segment_clone (@$projection_clone) {</span></div><div class=""><span style="white-space:pre-wrap" class="">                                           print join("\t", "chr".$slice->seq_region_name, $segment_clone->to_Slice->start, $segment_clone->to_Slice->end, $query."\n");
                                                #print join("\t", $segment_clone->to_Slice->name, $segment_clone->to_Slice->start, $segment_clone->to_Slice->end, $query."\n");                       # </span><span style="white-space:pre-wrap" class="">$segment_clone->to_Slice->name does not give me just the chr name I wish as bed format output</span><span style="white-space:pre-wrap" class="">
                                        }
                                }
                        }
                }
        }</span><br class=""></div><div class=""> </div><div class=""><br class=""></div><div class="">The first issue is that for GRCh37 the script outputs nothing!</div></div></div></blockquote><br class=""></span>I had results in my tests and I don't see an obvious reason why you don't have results</div><div class=""><span class=""><br class=""><blockquote type="cite" class=""><div class=""><div dir="ltr" class=""><div class=""><br class=""></div><div class="">The second issue is that querying the GRCh38 dataset the script outputs what I want, but outputs more than 1 entry per clone. I assumed that it would only retain the largest one. But for example the clone RP11-109F5 outputs:</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><div class="">chr5    7492637     7622836     RP11-109F5</div><div class="">chr5    7492637     7622844     RP11-109F5</div></div></div></div></blockquote><div class=""><br class=""></div></span>There are several tracks for the clones, one is the tilepath which are the clones used for the assembly, the others are tracks for each library like RP11 which contains all clones for this library. They are store as MiscSet feature. You can have a look at get_all_MiscSets <a href="http://www.ensembl.org/info/docs/Doxygen/core-api/classBio_1_1EnsEMBL_1_1MiscFeature.html#ac899e3e16e680a0eb68cdf26831e9113" target="_blank" class="">http://www.ensembl.org/info/docs/Doxygen/core-api/classBio_1_1EnsEMBL_1_1MiscFeature.html#ac899e3e16e680a0eb68cdf26831e9113</a> and keep the one for which the code is 'tilepath'.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Hope this helps</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888" class=""><div class="">Thibaut</div></font></span><div class=""><div class="h5"><div class=""><br class=""><blockquote type="cite" class=""><div class=""><div dir="ltr" class=""><div class=""><br class=""></div><div class="">when it should really only output </div><div class=""><br class=""></div><div class="">chr5    7492637     7622844     RP11-109F5 (the largest)<br class=""></div><div class=""><br class=""></div><div class="">Can you elaborate on the issues I am having ?</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Many thanks and once again sorry for all the questions.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Duarte</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all" class=""><div class=""><div class=""><font style="background-color:rgb(255,255,255)" color="#999999" class="">=========================<br class="">     Duarte Miguel Paulo Molha      <br class=""></font><div class=""><font style="background-color:rgb(255,255,255)" color="#999999" class="">         <a href="http://about.me/duarte" target="_blank" class="">http://about.me/duarte</a>         <br class="">=========================</font></div></div></div>
<br class=""><div class="gmail_quote">On 8 July 2015 at 13:59, Thibaut Hourlier <span dir="ltr" class=""><<a href="mailto:thibaut@ebi.ac.uk" target="_blank" class="">thibaut@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br class=""><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Duarte,<br class="">
This need a little bit of magic. First a little explanation about the tilepath. It represents the "full length" clones in the assembly. = and + represents the clones in the assembly, - and * represents the tilepath<br class="">
   1              2                          3                    4<br class="">
+++++===========+++++++++++++==========<br class="">
---------                    ---------------------------<br class="">
          *****************                      *******************<br class="">
<br class="">
When you use your code with the MiscFeatureAdaptor for clone number 3, it will give you the start and end of the tilepath. But as you can see above, it overlaps clone 2 and 3 in the assembly. You will need to get the INSDC accession so that you can simply ask for a slice with this accession and you will have the coordinate in the assembly of this clone.<br class="">
But, this is another data problem which will be fixed for release 82, you need 2 different way of doing if you are working on release < 76 (GRCh37) or release > 76 (GRCh38).<br class="">
<br class="">
In GRCh37, the INSDC accession was store in the attribute 'embl_acc'.<br class="">
 foreach my $attribute (@{$clone->get_all_Attributes}) {<br class="">
   if ($attribute->name eq 'embl_acc') {<br class="">
      my $slice = $slice_adaptor->fetch_by_region('clone', $attribute->value);<br class="">
      # You need to project on toplevel to get the proper start and end<br class="">
<span class="">        my $projection = $slice->project('toplevel');<br class="">
</span>        foreach my $segment (@$projection) {<br class="">
            print join("\t", $segment->to_Slice->seq_region_name, $segment->to_Slice->start, $segment->to_Slice->end, $query), "\n";<br class="">
        }<br class="">
   }<br class="">
 }<br class="">
<br class="">
In GRCh38, you will need to project your clone slice into the clone coordinate system:<br class="">
my $slice = $clone->feature_Slice;<br class="">
my $projection = $slice->project('clone');<br class="">
my $clone_slice;<br class="">
foreach my $segment (@$projection) {<br class="">
    print join("\t", $segment->to_Slice->name, $segment->to_Slice->start, $segment->to_Slice->end), "\n";<br class="">
    if (!defined $clone_slice or $clone_slice->length < $segment->to_Slice->length) {<br class="">
        $clone_slice = $segment->to_Slice; # Take the longest as the clone can overlap other clones<br class="">
    }<br class="">
}<br class="">
my $projection_clone = $clone_slice->project('toplevel');<br class="">
foreach my $segment_clone (@$projection_clone) {<br class="">
    print join("\t", $segment_clone->to_Slice->name, $segment_clone->to_Slice->start, $segment_clone->to_Slice->end), "\n";<br class="">
}<br class="">
<br class="">
I hope I replied to the question correctly this time<br class="">
<br class="">
Thanks<br class="">
<span class=""><font color="#888888" class="">Thibaut<br class="">
</font></span><div class=""><div class=""><br class="">
> On 7 Jul 2015, at 10:24, Duarte Molha <<a href="mailto:duartemolha@gmail.com" target="_blank" class="">duartemolha@gmail.com</a>> wrote:<br class="">
><br class="">
> Thanks Thibaut<br class="">
><br class="">
> what I want to know is:  "the genomic coordinates of the clones in assembly".<br class="">
><br class="">
> Cheers<br class="">
><br class="">
> Duarte<br class="">
><br class="">
> =========================<br class="">
>      Duarte Miguel Paulo Molha<br class="">
>          <a href="http://about.me/duarte" rel="noreferrer" target="_blank" class="">http://about.me/duarte</a><br class="">
> =========================<br class="">
><br class="">
> On 7 July 2015 at 09:55, Thibaut Hourlier <<a href="mailto:thibaut@ebi.ac.uk" target="_blank" class="">thibaut@ebi.ac.uk</a>> wrote:<br class="">
> Hi Duarte,<br class="">
> Sorry for the late reply. This is not a problem with the API but a data problem.<br class="">
> When you do the call $mf_adaptor->fetch_all_by_attribute_type_value( 'Name', $query ) you're asking for all the clones (misc features) which have the attribute 'Name'. So if we haven't store any data with this attribute, the API will return nothing but it will have done it's job. We used a different attribute in this case which was a error. It will be fixed for release 82. Sorry for the problem it's causing you.<br class="">
><br class="">
> Before replying to your previous question about my code snippet, I may have misunderstood what you wanted to do. By printing the clone coordinates, do you want to know the coordinates of the clones in the assembly or do you want to know where the clones overlap the assembly (this is what the tilepath is)?<br class="">
><br class="">
> Regards<br class="">
> Thibaut<br class="">
><br class="">
>> On 7 Jul 2015, at 09:20, Duarte Molha <<a href="mailto:duartemolha@gmail.com" target="_blank" class="">duartemolha@gmail.com</a>> wrote:<br class="">
>><br class="">
>> Anyone? Could you help me understand why the changing behavior of the same API between datasets?<br class="">
>><br class="">
>> =========================<br class="">
>>      Duarte Miguel Paulo Molha<br class="">
>>          <a href="http://about.me/duarte" rel="noreferrer" target="_blank" class="">http://about.me/duarte</a><br class="">
>> =========================<br class="">
>><br class="">
>> On 3 July 2015 at 17:01, Duarte Molha <<a href="mailto:duartemolha@gmail.com" target="_blank" class="">duartemolha@gmail.com</a>> wrote:<br class="">
>> Thanks Magali<br class="">
>><br class="">
>><br class="">
>> Can you explain something to me?<br class="">
>><br class="">
>><br class="">
>> You are now keeping the api compatible with both GRCH37 and GRCH38. This is great because I can use my scripts with the latest API and not worry about having to use an older API to query the older assembly. However I do not understand why, in this case changing ‘clone_name’ to ‘Name’ works when querying GRCh38 but fails when querying GRCh37.<br class="">
>><br class="">
>><br class="">
>>  Shouldn't the API calls be the same for both datasets. This means  I have to change my code depending on what database I am querying. Isn't this what the move to update the api for both datasets is trying to avoid?<br class="">
>><br class="">
>><br class="">
>><br class="">
>> Best regards<br class="">
>><br class="">
>><br class="">
>><br class="">
>> Duarte<br class="">
>><br class="">
>><br class="">
>><br class="">
>><br class="">
>> =========================<br class="">
>>      Duarte Miguel Paulo Molha<br class="">
>>          <a href="http://about.me/duarte" rel="noreferrer" target="_blank" class="">http://about.me/duarte</a><br class="">
>> =========================<br class="">
>><br class="">
>> On 2 July 2015 at 16:40, mag <<a href="mailto:mr6@ebi.ac.uk" target="_blank" class="">mr6@ebi.ac.uk</a>> wrote:<br class="">
>> Hi Duarte,<br class="">
>><br class="">
>> Replacing 'clone_name' with 'Name' as Thibaut suggested works for me for GRCh38.<br class="">
>><br class="">
>> my $clones =  $mf_adaptor->fetch_all_by_attribute_type_value( 'Name', $query );<br class="">
>><br class="">
>> while ( my $clone = shift @{$clones} ) {<br class="">
>>   my $slice = $clone->slice();<br class="">
>>   print join "\t", ("chr".$slice->seq_region_name(), $clone->start(), $clone->end() , $query."\n");<br class="">
>> }<br class="">
>><br class="">
>><br class="">
>> Regards,<br class="">
>> Magali<br class="">
>><br class="">
>><br class="">
>> On 01/07/2015 18:15, Duarte Molha wrote:<br class="">
>>> I would still appreciate some help with this query. If possible.<br class="">
>>><br class="">
>>> On 30 Jun 2015 16:29, "Duarte Molha" <<a href="mailto:duartemolha@gmail.com" target="_blank" class="">duartemolha@gmail.com</a>> wrote:<br class="">
>>> Thibaut... Could you expand on how I can change my script to make it work with the new assembly?<br class="">
>>> I have just realised that the reason I am no getting 60 BAC entries is because their are only present in GRCh38 and not on the GRCh37<br class="">
>>><br class="">
>>> Can you tell me how I can modify my script to work with the new assembly?<br class="">
>>><br class="">
>>> I don't seem to understand the projection method you are using.<br class="">
>>> Here is the relevant part of my script<br class="">
>>><br class="">
>>> my $mf_adaptor         = $registry->get_adaptor( 'Human', 'Core', 'MiscFeature' );<br class="">
>>><br class="">
>>> open (IN, ,"<", $options->{list})|| die "Could not open ".$options->{list}." for reading \n";<br class="">
>>> my @input_queries = <IN>;<br class="">
>>> close IN;<br class="">
>>><br class="">
>>> foreach my $query (@input_queries){<br class="">
>>>  chomp $query;<br class="">
>>>  my $clones =  $mf_adaptor->fetch_all_by_attribute_type_value( 'clone_name', $query );<br class="">
>>><br class="">
>>>  while ( my $clone = shift @{$clones} ) {<br class="">
>>>  my $slice = $clone->slice();<br class="">
>>>  print join "\t", ("chr".$slice->seq_region_name(), $clone->start(), $clone->end() , $query."\n");<br class="">
>>>  }<br class="">
>>> }<br class="">
>>><br class="">
>>><br class="">
>>> Best regards<br class="">
>>><br class="">
>>> Duarte<br class="">
>>><br class="">
>>> =========================<br class="">
>>>      Duarte Miguel Paulo Molha<br class="">
>>>          <a href="http://about.me/duarte" rel="noreferrer" target="_blank" class="">http://about.me/duarte</a><br class="">
>>> =========================<br class="">
>>><br class="">
>>> On 30 June 2015 at 15:46, Duarte Molha <<a href="mailto:duartemolha@gmail.com" target="_blank" class="">duartemolha@gmail.com</a>> wrote:<br class="">
>>> no. That does not get anything.<br class="">
>>><br class="">
>>><br class="">
>>><br class="">
>>> =========================<br class="">
>>>      Duarte Miguel Paulo Molha<br class="">
>>>          <a href="http://about.me/duarte" rel="noreferrer" target="_blank" class="">http://about.me/duarte</a><br class="">
>>> =========================<br class="">
>>><br class="">
>>> On 30 June 2015 at 14:50, Thibaut Hourlier <<a href="mailto:thibaut@ebi.ac.uk" target="_blank" class="">thibaut@ebi.ac.uk</a>> wrote:<br class="">
>>> If you use name instead of clone_name, does it fetches the missing one?<br class="">
>>><br class="">
>>> Cheers<br class="">
>>> Thibaut<br class="">
>>><br class="">
>>>> On 30 Jun 2015, at 14:27, Duarte Molha <<a href="mailto:duartemolha@gmail.com" target="_blank" class="">duartemolha@gmail.com</a>> wrote:<br class="">
>>>><br class="">
>>>> Yes I am using the GRCh37 Thibaut  ... so I am ok for now... but it is good to know this does not work with the latest assembly.<br class="">
>>>> However... can you please answer my question regarding the missing clones like  RP11-155D3 ... why can I not fetch this when it is clearly on the database?<br class="">
>>>><br class="">
>>>> Thanks<br class="">
>>>><br class="">
>>>> Duarte<br class="">
>>>><br class="">
>>>><br class="">
>>>><br class="">
>>>> =========================<br class="">
>>>>      Duarte Miguel Paulo Molha<br class="">
>>>>          <a href="http://about.me/duarte" rel="noreferrer" target="_blank" class="">http://about.me/duarte</a><br class="">
>>>> =========================<br class="">
>>>><br class="">
>>>> On 30 June 2015 at 14:12, Thibaut Hourlier <<a href="mailto:thibaut@ebi.ac.uk" target="_blank" class="">thibaut@ebi.ac.uk</a>> wrote:<br class="">
>>>> My first question should have been which assembly are you using...<br class="">
>>>><br class="">
>>>> So yes this will work for GRCh37. Unfortunately it will not work for GRCh38 but this is something that we will fix for release 82.<br class="">
>>>><br class="">
>>>> So in the case of GRCh38, it is still possible but more complicated. It should work by getting the slice then projecting on the clone coordinate system<br class="">
>>>><br class="">
>>>> $subSlice = $misc_clone->feature_Slice;<br class="">
>>>> $projectionSegment = $subSlice->project('clone')<br class="">
>>>><br class="">
>>>> Cheers<br class="">
>>>> Thibaut<br class="">
>>>><br class="">
>>>>> On 30 Jun 2015, at 13:56, Duarte Molha <<a href="mailto:duartemolha@gmail.com" target="_blank" class="">duartemolha@gmail.com</a>> wrote:<br class="">
>>>>><br class="">
>>>>> Nevermind... after searching for miscFeatures information I found the relevant part in the api tutorial<br class="">
>>>>><br class="">
>>>>> Just for reference to anyone that has the same difficulties here is the relevant portion of the code I used:<br class="">
>>>>> (please let me know if there is something I did wrong Thibaut)<br class="">
>>>>><br class="">
>>>>> my $mf_adaptor         = $registry->get_adaptor( 'Human', 'Core', 'MiscFeature' );<br class="">
>>>>><br class="">
>>>>> open (IN, ,"<", $options->{list})|| die "Could not open ".$options->{list}." for reading \n";<br class="">
>>>>> my @input_queries = <IN>;<br class="">
>>>>> close IN;<br class="">
>>>>><br class="">
>>>>> foreach my $query (@input_queries){<br class="">
>>>>><br class="">
>>>>><br class="">
>>>>> chomp $query;<br class="">
>>>>><br class="">
>>>>><br class="">
>>>>> my $clones =  $mf_adaptor->fetch_all_by_attribute_type_value( 'clone_name', $query );<br class="">
>>>>><br class="">
>>>>><br class="">
>>>>><br class="">
>>>>> while ( my $clone = shift @{$clones} ) {<br class="">
>>>>><br class="">
>>>>><br class="">
>>>>> my $slice = $clone->slice();<br class="">
>>>>><br class="">
>>>>><br class="">
>>>>> print join "\t", ("chr".$slice->seq_region_name(), $clone->start(), $clone->end() , $query."\n");<br class="">
>>>>><br class="">
>>>>><br class="">
>>>>> }<br class="">
>>>>> }<br class="">
>>>>><br class="">
>>>>><br class="">
>>>>> Best regards<br class="">
>>>>><br class="">
>>>>> Duarte<br class="">
>>>>><br class="">
>>>>> =========================<br class="">
>>>>>      Duarte Miguel Paulo Molha<br class="">
>>>>>          <a href="http://about.me/duarte" rel="noreferrer" target="_blank" class="">http://about.me/duarte</a><br class="">
>>>>> =========================<br class="">
>>>>><br class="">
>>>>> On 30 June 2015 at 13:26, Duarte Molha <<a href="mailto:duartemolha@gmail.com" target="_blank" class="">duartemolha@gmail.com</a>> wrote:<br class="">
>>>>> Many thanks Thibaut<br class="">
>>>>><br class="">
>>>>> So... in regards to your question...<br class="">
>>>>><br class="">
>>>>> How can I query a specific clone and its correct coordinates if I know  the clone ID.<br class="">
>>>>><br class="">
>>>>> For example<br class="">
>>>>><br class="">
>>>>> assuming this clone:<br class="">
>>>>>  RP11-100N21<br class="">
>>>>><br class="">
>>>>> In other words , how to I query the underlying clone dataset and output those clones in genomic coordinates?<br class="">
>>>>><br class="">
>>>>> Many thanks<br class="">
>>>>><br class="">
>>>>> Duarte<br class="">
>>>>><br class="">
>>>>><br class="">
>>>>><br class="">
>>>>><br class="">
>>>>><br class="">
>>>>><br class="">
>>>>> =========================<br class="">
>>>>>      Duarte Miguel Paulo Molha<br class="">
>>>>>          <a href="http://about.me/duarte" rel="noreferrer" target="_blank" class="">http://about.me/duarte</a><br class="">
>>>>> =========================<br class="">
>>>>><br class="">
>>>>> On 30 June 2015 at 13:15, Thibaut Hourlier <<a href="mailto:thibaut@ebi.ac.uk" target="_blank" class="">thibaut@ebi.ac.uk</a>> wrote:<br class="">
>>>>> Hi Duarte,<br class="">
>>>>> The clone names are stored in the misc_* tables. So you need to use the MiscFeatureAdaptor, <a href="http://www.ensembl.org/info/docs/Doxygen/core-api/classBio_1_1EnsEMBL_1_1DBSQL_1_1MiscFeatureAdaptor.html" rel="noreferrer" target="_blank" class="">http://www.ensembl.org/info/docs/Doxygen/core-api/classBio_1_1EnsEMBL_1_1DBSQL_1_1MiscFeatureAdaptor.html</a>:<br class="">
>>>>><br class="">
>>>>> my $misc_clones = $mfa->fetch_all_by_Slice_and_set_code('tilepath');<br class="">
>>>>> foreach my $clone (@$misc_clones) {<br class="">
>>>>>  print join("\t", $clone->slice->seq_region_name, $clone->start, $clone->end, @{$clone->get_all_attribute_values('name')}), "\n";<br class="">
>>>>> }<br class="">
>>>>><br class="">
>>>>> A warning though, this is the tilepath so the boundaries of the clones are different from the contigs/clones in the assembly as sometimes they didn't use the entire clone for the assembly<br class="">
>>>>><br class="">
>>>>> Hope this help<br class="">
>>>>><br class="">
>>>>> Thibaut<br class="">
>>>>><br class="">
>>>>> > On 30 Jun 2015, at 11:50, Duarte Molha <<a href="mailto:duartemolha@gmail.com" target="_blank" class="">duartemolha@gmail.com</a>> wrote:<br class="">
>>>>> ><br class="">
>>>>> > I used this code to get all the gebnomic coordinates of your subcontigs:<br class="">
>>>>> ><br class="">
>>>>> ><br class="">
>>>>> > my @slices = @{ $slice_adaptor->fetch_all('clone') };<br class="">
>>>>> > foreach my $slice (@slices){<br class="">
>>>>> >       $progress->update();<br class="">
>>>>> >       my $clone_name =  $slice->seq_region_name();<br class="">
>>>>> >       my $projection = $slice->project('toplevel');<br class="">
>>>>> >       foreach my $segment ( @{$projection} ) {<br class="">
>>>>> >               my $to_slice = $segment->to_Slice();<br class="">
>>>>> >               print join "\t", ("chr".$to_slice->seq_region_name(), $to_slice->start(), $to_slice->end(), $clone_name."\n");<br class="">
>>>>> >       }<br class="">
>>>>> > }<br class="">
>>>>> ><br class="">
>>>>> > However, by doing this, the database does not fetch the original clone name<br class="">
>>>>> ><br class="">
>>>>> > for example.. using this script I get<br class="">
>>>>> > chr4    47567235        47733411        AC092597.1<br class="">
>>>>> ><br class="">
>>>>> > However I would like to get :<br class="">
>>>>> ><br class="">
>>>>> > chr4    47567235        47733411        RP11-100N21<br class="">
>>>>> ><br class="">
>>>>> > Can someone explain what I am doing wrong?<br class="">
>>>>> ><br class="">
>>>>> > Thanks<br class="">
>>>>> ><br class="">
>>>>> > Duarte<br class="">
>>>>> ><br class="">
>>>>> ><br class="">
>>>>> ><br class="">
>>>>> > =========================<br class="">
>>>>> >      Duarte Miguel Paulo Molha<br class="">
>>>>> >          <a href="http://about.me/duarte" rel="noreferrer" target="_blank" class="">http://about.me/duarte</a><br class="">
>>>>> > =========================<br class="">
>>>>> ><br class="">
>>>>> > On 30 June 2015 at 09:45, Duarte Molha <<a href="mailto:duartemolha@gmail.com" target="_blank" class="">duartemolha@gmail.com</a>> wrote:<br class="">
>>>>> > Dear devs<br class="">
>>>>> ><br class="">
>>>>> > How can I search for a specific clone id present on your tilepath<br class="">
>>>>> ><br class="">
>>>>> > for example this: RP5-892C22<br class="">
>>>>> ><br class="">
>>>>> > I would like to use the perl API if possible<br class="">
>>>>> ><br class="">
>>>>> > Many thanks<br class="">
>>>>> ><br class="">
>>>>> > Duarte<br class="">
>>>>> ><br class="">
>>>>> ><br class="">
>>>>> ><br class="">
>>>>> > =========================<br class="">
>>>>> >      Duarte Miguel Paulo Molha<br class="">
>>>>> >          <a href="http://about.me/duarte" rel="noreferrer" target="_blank" class="">http://about.me/duarte</a><br class="">
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>>>>> ><br class="">
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>>>>><br class="">
>>>>><br class="">
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>>>>><br class="">
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>><br class="">
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>><br class="">
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