<div dir="ltr">Hi Konrad,<div><br></div><div>VEP treats short variants and structural variants (SVs) differently - SVs are analysed without considering sequence, and have a different object type in the API (StructuralVariationFeature vs VariationFeature for short variants). The VEP parser's flag for processing something as an SV is the SVTYPE key in the VCF info field, so this is why they are being treated as such.</div><div><br></div><div>Without a patch to the code, the only way to avoid this would be to remove/replace the SVTYPE key from the VCF.</div><div><br></div><div>Plugins can be configured to run on StructuralVariationFeatures; you would need to add a method variant_feature_types to tell the plugin it can analyse them. However, even with this the StructuralVariationFeature object does not carry sequence or allele information, so probably something like LOFTEE won't work:</div><div><br></div><div>sub variant_feature_types {</div><div>  # BaseVariationFeature is the parent class of VariationFeature and StructuralVariationFeature</div><div>  return ['BaseVariationFeature'];</div><div>}</div><div><br></div><div>HTH</div><div><br></div><div>Will</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 13 July 2015 at 12:26, Konrad Karczewski <span dir="ltr"><<a href="mailto:konradk@broadinstitute.org" target="_blank">konradk@broadinstitute.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Will/VEP team,<br>
<br>
Me again with another VEP edge case (in both v79 and v80). When I go to annotate the following variant (and run plugins such as LOFTEE), it runs fine and returns information from the plugin.<br>
<br>
chr1    20680261        .       GCTGGCCTCCGGAGC G       .       PASS    AC=1;AF=0.500;AN=2<br>
<br>
However, when the record contains structural variant information (I think this was generated by Pindel), VEP runs fine but instead of the usual `-` for Allele, annotates it with `deletion` (this is fine), but then doesn't run any plugins on it.<br>
<br>
chr1    20680261        .       GCTGGCCTCCGGAGC G       .       PASS    AC=1;AF=0.500;AN=2;END=20680275;HOMLEN=2;HOMSEQ=CT;SVLEN=-14;SVTYPE=DEL<br>
<br>
Is this expected/is there a way around it?<br>
<br>
Thanks!<br>
-Konrad<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div><br></div>