<div dir="ltr">Hi Nikolas,<div><br></div><div>The only fix in those commands is to download the v81 cache instead of v79. See the highlighted fix below...</div><div><br></div><div><font face="monospace, monospace">rsync -zvh rsync://<a href="http://ftp.ensembl.org/ensembl/pub/release-81/variation/VEP/homo_sapiens_vep_">ftp.ensembl.org/ensembl/pub/release-81/variation/VEP/homo_sapiens_vep_</a><b style="background-color:rgb(249,203,156)">81</b>_GRCh{37,38}.tar.gz $VEP_DATA</font><br></div><div><br></div><div>Also note that these instructions are just for installing VEP locally to run offline. You won't install all of Ensembl's API and tools.<br></div><div><br></div><div>~Cyriac</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jul 20, 2015 at 9:58 PM, Balanis, Nikolas G. <span dir="ltr"><<a href="mailto:NBalanis@mednet.ucla.edu" target="_blank">NBalanis@mednet.ucla.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div>
<div style="direction:ltr;font-family:Tahoma;color:#000000;font-size:10pt">Hello I am looking for the solution to this problem.
<i>I googled and looked on throught the archives but I am not sure how to fix this.
</i>I am installing vep based on the instructions from <a href="https://github.com/ckandoth/vcf2maf" target="_blank">https://github.com/ckandoth/vcf2maf</a><br>
<br>
<pre><code>export VEP_PATH=~/vep
export VEP_DATA=~/.vep</code></pre>
<br>
<pre><code>mkdir $VEP_PATH; cd $VEP_PATH
curl -LO <a href="https://github.com/Ensembl/ensembl-tools/archive/release/81.tar.gz" target="_blank">https://github.com/Ensembl/ensembl-tools/archive/release/81.tar.gz</a>
tar -zxf 81.tar.gz --starting-file variant_effect_predictor --transform='s|.*/|./|g'<br><br></code><code>rsync -zvh rsync://<a href="http://ftp.ensembl.org/ensembl/pub/release-81/variation/VEP/homo_sapiens_vep_79_GRCh%7B37,38%7D.tar.gz" target="_blank">ftp.ensembl.org/ensembl/pub/release-81/variation/VEP/homo_sapiens_vep_79_GRCh{37,38}.tar.gz</a> $VEP_DATA
cat $VEP_DATA/*.tar.gz | tar -izxf - -C $VEP_DATA<br><br></code><br><code><code>cd $VEP_PATH
perl INSTALL.pl --AUTO af --SPECIES homo_sapiens --ASSEMBLY GRCh37 --DESTDIR $VEP_PATH --CACHEDIR $VEP_DATA
perl INSTALL.pl --AUTO af --SPECIES homo_sapiens --ASSEMBLY GRCh38 --DESTDIR $VEP_PATH --CACHEDIR $VEP_DATA
</code><br><br>I get this warning message below when I perform either of the last 2 instructions.  I can't<br>seem to figure this out. Everything should be release 81 so I am quite confused. </code><br><code>What are the steps to fix this?</code></pre>
<b>For homo_sapiens_core_80_38 there is a difference in the software release (81) and the database release (80). You should update one of these to ensure that your script does not crash.<br>
For homo_sapiens_variation_80_38 there is a difference in the software release (81) and the database release (80). You should update one of these to ensure that your script does not crash.<br>
</b><br>
</div>
<br>
<hr>
<font face="Arial" color="Navy" size="2"><br>
IMPORTANT WARNING: This email (and any attachments) is only intended for the use of the person or entity to which it is addressed, and may contain information that is privileged and confidential. You, the recipient, are obligated to maintain it in a safe, secure
 and confidential manner. Unauthorized redisclosure or failure to maintain confidentiality may subject you to federal and state penalties. If you are not the intended recipient, please immediately notify us by return email, and delete this message from your
 computer.<br>
</font>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div>