<div dir="ltr">Hi Yuan,<div><br>VEP shouldn't change the genotype data in your VCF file, can you provide a sample of input and a command that recreates the issue?</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 22 July 2015 at 09:41, Yuan Chen <span dir="ltr"><<a href="mailto:yuan@sanger.ac.uk" target="_blank">yuan@sanger.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Will,<br>
<br>
When I run VEP (79 version) on chrY which has genotype 0 or 1 in vcf file (i.e not 0/0), the VEP output file changed all 0 to '.', is this expected ?<br>
<br>
yuan<br>
<br>
Sent from my Huawei Mobile<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div><br></div>