<div dir="ltr">Hi Will,<div><br></div><div>Thank you very much! That is super helpful.</div><div><br></div><div>Dan</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jul 27, 2015 at 12:27 PM, Will McLaren <span dir="ltr"><<a href="mailto:wm2@ebi.ac.uk" target="_blank">wm2@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Dan,<div><br></div><div>We have in fact just updated our GTF converter script to support GFF too (get the new release, 81, for this capability).</div><div><br></div><div>However, giving it a go just now with that file I noticed the FASTA file supplied doesn't play nicely with our indexer, so I tweaked the FASTA to get it to run. Long story short, here's the cache:</div><div><br></div><div><a href="https://dl.dropboxusercontent.com/u/12936195/zonotrichia_albicollis.tar.gz" target="_blank">https://dl.dropboxusercontent.com/u/12936195/zonotrichia_albicollis.tar.gz</a><br></div><div><br></div><div>And here's the long story, i.e. what I did to generate it if you want to do the same:</div><div><br></div><div>wget <a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Zonotrichia_albicollis/GFF/ref_Zonotrichia_albicollis-1.0.1_scaffolds.gff3.gz" target="_blank">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Zonotrichia_albicollis/GFF/ref_Zonotrichia_albicollis-1.0.1_scaffolds.gff3.gz</a><br></div><div>wget <a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Zonotrichia_albicollis/CHR_Un/44394_ref_Zonotrichia_albicollis-1.0.1_chrUn.fa.gz" target="_blank">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Zonotrichia_albicollis/CHR_Un/44394_ref_Zonotrichia_albicollis-1.0.1_chrUn.fa.gz</a><br></div><div>gzip -dc 44394_ref_Zonotrichia_albicollis-1.0.1_chrUn.fa.gz | perl -e 'while(<>) { if(/^\>/) { $id = (split /\|/, $_)[3]; print "> $id\n";} else {print}}' > 44394_ref_Zonotrichia_albicollis-1.0.1_chrUn.fa</div><div>perl <a href="http://gtf2vep.pl" target="_blank">gtf2vep.pl</a> -i ref_Zonotrichia_albicollis-1.0.1_scaffolds.gff3.gz -fasta 44394_ref_Zonotrichia_albicollis-1.0.1_chrUn.fa -species zonotrichia_albicollis</div><div><br></div><div>Then run the VEP as follows:</div><div><br></div><div>perl <a href="http://variant_effect_predictor.pl" target="_blank">variant_effect_predictor.pl</a> -offline -species zonotrichia_albicollis -i variants.vcf</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On 27 July 2015 at 16:49, Dan Sun <span dir="ltr"><<a href="mailto:meredithfy@gmail.com" target="_blank">meredithfy@gmail.com</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5"><div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I was trying to build a cache from GTF for white-throated sparrow by myself following the tutorial, but was not successful. If possible, could you please add this species to the download list? I would really appreciate that! </div><div><br></div><div>You may download the GFF3 annotation for this species from NCBI ftp (<a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Zonotrichia_albicollis/GFF/ref_Zonotrichia_albicollis-1.0.1_scaffolds.gff3.gz" target="_blank">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Zonotrichia_albicollis/GFF/ref_Zonotrichia_albicollis-1.0.1_scaffolds.gff3.gz</a>) and convert it to GTF.</div><div><br></div><div>Thank you very much!<span><font color="#888888"><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div><div dir="ltr">Dan <br></div></div>
</font></span></div></div>
<br></div></div>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Dan Sun <br>Graduate student of Bioinformatics<br>School of Biology<br>Georgia Institute of Technology<br></div></div>
</div>