<div dir="ltr">Hi Mollie,<div><br></div><div>The functionality isn't there currently, but is super-easy to implement in a plugin. Here's a quickie couple of lines to get the job done:</div><div><br></div><div>> echo 'package HGVSg; use Bio::EnsEMBL::Variation::Utils::BaseVepPlugin; use base qw(Bio::EnsEMBL::Variation::Utils::BaseVepPlugin); sub run { my $vf = $_[1]->variation_feature; return { HGVSg => join(",", values %{$vf->hgvs_genomic($vf->slice)}) }} 1;' > HGVSg.pm<br></div><div>> perl <a href="http://variant_effect_predictor.pl">variant_effect_predictor.pl</a> -cache -i example_GRCh38.vcf -plugin HGVSg<br></div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 28 July 2015 at 14:54, Ullman-Cullere, Mollie <span dir="ltr"><<a href="mailto:MULLMANCULLERE@partners.org" target="_blank">MULLMANCULLERE@partners.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">





<div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple">
<div>
<p class="MsoNormal">Is there a way to get HGVS formatted genomic change from standalone implementation of VEP?<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">If not, is this going  to be added in the future?  <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Thanks,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Mollie<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<p></p>

<p>The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is<br>
addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail<br>
contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at<br>
<a href="http://www.partners.org/complianceline" target="_blank">http://www.partners.org/complianceline</a> . If the e-mail was sent to you in error<br>
but does not contain patient information, please contact the sender and properly<br>
dispose of the e-mail.</p></div>

<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>